L'excrétion (du verbe excréter) est l'action par laquelle des substances sécrétées (des déchets d'un métabolisme pour la plupart) d'un organisme vivant sont rejetées au-dehors sous forme de solides, liquides, gaz ou mucus. Chez l'Humain et les animaux, ce sont principalement les excréments et l'urine.
La notion d' excreta regroupe toutes les substances métaboliques, internes ou externes, rejetées dans le milieu par un organisme (animal, végétal, fongique), qu'il soit individuel ou colonial.
Les excreta étaient réputés être surtout des déchets de la nutrition/digestion et du métabolisme (fèces, urines, sueur, matière sébacée, gaz carbonique, etc.), mais certains peuvent avoir des fonctions secondaires importantes (hormonales, de reconnaissance, marquage du territoire, détoxication, etc.), ci-dessous présentées ;
L'excrétion a plusieurs finalités connues, qui peuvent coexister pour de mêmes excreta :
Parfois les excreta sont réutilisés par l'organisme lui-même pour se camoufler ou se protéger ; ainsi, dans le cas des animaux, l'organisme peut aussi évacuer à l'extérieur de lui-même des substances indésirables ou toxiques ingérées ou inhalées via respectivement l'alimentation et la respiration ou absorbées par voie percutanée ; des protéines spéciales sont impliquées (métalloprotéines chélatrices, dont métallothionéines, dans le cas des métaux).
Les coquilles de bivalves et d'escargots ont peut-être comme origine ce type de stratégie. Chez des filtreurs comme les moules et huîtres, les coquilles peuvent ainsi bioaccumuler des métaux lourds (plomb et cadmium par exemple) incorporés des aliments ou de l'eau ; de manière inoffensive pour l'organisme.
Chez les oiseaux et mammifères, les phanères (plumes, ongles, cheveux et poils) ou la peau se desquamant, contribuent aussi à faire sortir de l'organisme des métaux toxiques tels que le plomb ou le mercure :
L'excrétion englobe in extenso l'élimination d'une partie des déchets du métabolisme et en particulier celui du métabolisme protéique avec l'élimination de l’urée.
On utilise également le verbe excréter pour qualifier l'ensemble de processus par lequel le produit d'une glande (sudoripare par exemple) est rejeté hors de celle-ci (par un ou des canaux). Cette excrétion peut être gazeuse, liquide, mucilagineuse ou même solide (cires, cristaux, fil des araignées, soie des chenilles, etc.).
Lorsque l’organisme régule l'homéostasie ionique, la régulation osmotique agit sur deux facteurs :
Ceci vérifie la relation n = c * v, où n correspond à l'osmolarité c à la concentration ionique et v au volume.
En fonction du milieu dans lequel il vit, un animal va absorber de l'eau si celle-ci est à disposition afin de diluer et évacuer les électrolytes en excès, ou rejeter activement des ions dans le milieu extérieur sans perdre d'eau.
Tous les êtres vivants ne vivent pas dans les mêmes conditions de milieux. Par exemple un téléostéen ("poisson") marin aura un milieu de vie contenant beaucoup plus de chlorure de sodium qu'un téléostéen d'eau douce. Le poisson d'eau de mer aura donc plus de difficulté à perdre des excrétions alors que le poisson d'eau douce aura plus de difficulté à garder ses excrétions.
Certains êtres vivants sont dits osmoconformes parce qu'ils adoptent la pression osmotique du milieu, si celle-ci reste à peu près constante (par exemple l'eau de mer 1 047 mosmol/L).
D'autres sont appelés osmorégulateurs, c'est-à-dire qu'il possède une osmolarité différente de celle de leurs milieux de vie.
Pour les animaux terrestres, la stratégie de régulation de l'osmolarité s'articule essentiellement au facteur eau. En effet le seul moyen efficace de contrôler son osmolarité consiste à adapter ses prises hydriques en fonction des besoins. Il existe également des stratégies complémentaires.
Un certain nombre de parasites, bactéries, virus et autres pathogènes posant problème pour la santé publique sont efficacement transmis ou peuvent l'être par les fluides corporels (dont la maladie de la vache folle ou la Chronic wasting disease due à un prion (protéine) présent chez certains cervidés sauvages) ou divers excrétats (ex : virus grippal lors d'éternuements).
Dans les élevages et la filière agroalimentaire, le suivi et la gestion des excrétats sont pour cette raison un enjeu important (lisier, etc.)
Enfin la utilisation des excreta après traitement adéquat permet une réutilisation des nutriments présents dans ceux-ci pour l'agriculture.
Les excrétats d'humains et d'animaux malades (urine et excréments notamment) présentent des enjeux sanitaires, épidémiologiques, agronomiques ou écoépidémiologiques particuliers.
En contexte de risque infectieux et notamment en cas de risque de contact direct ou indirect avec ces excreta, le port de vêtement appropriés (masque FFP, gants, lunettes de protection...) fait partie des bonnes pratiques.
Durant des millénaires, dans une grande partie du monde, ces excrétas ont été utilisés comme amendements des cultures, mais cet usage s'est réduit, pour des raisons sanitaires justifiées (risque de transmission de parasites ou de maladies telles que le choléra par exemple) et culturelles.
L'agriculture biologique en Europe interdit les fertilisants dérivés d'excrétats humains (notamment car ils peuvent contenir des micropolluants — dont résidus médicamenteux — sources de risques pour la santé et l'environnement), « alors que ceux-ci contiennent presque tout l'azote, le phosphore et le potassium que nous ingérons. Il est donc impossible de fermer les cycles de nutriments » ; au risque de manquer de phosphore (qui doit être apporté par d'autres sources extérieures qui sont surexploitées dans le monde).
En 2025, en France, pour être autorisé en agriculture biologique, un excréta fertilisant doit 1) être légalement commercialisé ou obtenir une dérogation (article L255-5 du Code Rural et de la pêche maritime) ; 2) figurer dans l'annexe II du règlement européen 2018/848. En outre, si un fertilisant liquide comme l'Aurin (produit liquide suisse, à base d'urine traitée contre les résidus médicamenteux) est utilisé, en Agriculture bio, il peut être jugé trop riche en minéraux et risquer de nourrir le sol plutôt que la plante et donc être refusé (alors que certains fertilisants minéraux, tels que le lisier de porc et les digestats de méthanisation, sont autorisés), ce qui semble être une incohérence réglementaire.
Selon le projet OCAPI, après traitement efficace des résidus pharmaceutiques et un contrôle adapté, il semble possible d'autoriser certains fertilisants dérivés d'excrétas humains en agriculture biologique, mais plusieurs années de procédure pourraient être nécessaires pour que ceci soit autorisé.
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