Le vice-amiral Émile Muselier, refusant l'armistice et la défaite décide de rejoindre la Grande-Bretagne. Il s'embarque à Marseille sur un navire de commerce à destination de Gibraltar où il est reçu par l'amiral North. Il réquisitionne les navires français au mouillage: le chalutier Président-Houduce, le cargo armé Rhin, les cargos Anadyr et Capo-Olmo. Ce sont les premiers bateaux des FNFL.
Parti le à bord d'un hydravion, il rencontre le général de Gaulle le . Il est nommé dès le lendemain chef des forces navales (militaires et civiles), ainsi que provisoirement chef des forces aériennes. Les forces navales sont à ce moment très limitées, essentiellement les marins qui se trouvaient déjà en Angleterre, ceux qui ont été évacués de Dunkerque et les quelques ralliés de l'île de Sein et leurs bateaux de pêche.
Le (date de l'opération de Mers-el-Kébir), les navires français réfugiés dans les ports anglais sont saisis par les Britanniques, mais assez rapidement placés sous l'autorité de De Gaulle. Par la suite, des navires anglais seront ajoutés à la flotte de la France libre.
En , la flotte de guerre compte 40 navires opérationnels sur 65, 3 600 marins embarqués, ainsi qu'un bataillon de fusiliers marins et l'unité commando du capitaine de corvette Kieffer. La flotte marchande compte 170 navires, dont 67 opérationnels.
Les FNFL ont leur centre à Londres, mais leur principal base principale est Portsmouth où se trouvent une caserne, un navire d'instruction, le vieux cuirassé Courbet, le chalutier armé Président Théodore Tissier, les goélettes Etoile et Belle Poule de l'École navale de la France libre, ou École des cadets commandé par les officiers Wietzel et Gayral), où va être formé Philippe de Gaulle parmi 80 aspirants, soit 20 par an, puis les écoles de formation des canonniers marins, des radiotélégraphistes, des électriciens.
Les FNFL ont deux problèmes chroniques: l'insuffisance des équipages notamment un manque d'officiers et de personnel de certaines spécialités. Difficulté pour armer ou réarmer les navires, l'industrie navale britannique ne pouvant fournir le matériel approprié. C'est essentiellement pour ces deux raisons que beaucoup de navires d'origine française, parfois récents, ne sont pas réarmés.
Assez rapidement, une certaine tension existe entre Muselier et de Gaulle, ce qui amène le premier à démissionner, contraint et forcé par le second. Le vice-amiral Émile Muselier est remplacé par le contre-amiral Philippe Auboyneau en .
Le , contre l'avis des Américains, le sous-marin Surcouf et trois corvettes, Mimosa, Aconit et l'Alysse arrivent à Saint-Pierre et Miquelon et s'emparent de l'archipel. Le lendemain un référendum confirme le ralliement du territoire à la France libre. L'opération est menée par le vice- amiral Muselier sur ordre du général De Gaulle.
À partir de , la marine militaire est commandée par le contre-amiral Auboyneau et est séparée de la marine marchande. Celle ci représente 66 navires qui auront pour chef, le capitaine au long cours Bingen, auquel succède le capitaine au long cours Wietzel.
Période d’Argenlieu
Le , le contre-amiral Thierry d’Argenlieu prend la tête des Forces Navales en Grande-Bretagne (FNGB) issues de la fusion des FNFL avec les forces maritimes d’Afrique.
Hommes des Forces navales françaises libres
Monument des forces navales françaises libres surplombant la ville de Gourock (Lyle Hill, Greenock), en Écosse
3ebataillon de fusiliers marins, créé en , composé de volontaires espagnols, dissout en à la demande des Britanniques car contraire aux accords Churchill- De Gaulle de 1940
Historique des Forces Navales Françaises Libres, tomes 1 à 5:
Vice-amiral d'escadre Émile Chaline et Capitaine de vaisseau Pierre Santarelli, Historique des Forces Navales Françaises Libres: du 18 juin 1940 au 3 août 1943, t.1, Service historique de la marine, , 461p. (ISBN978-2-11-096321-5)
Émile Chaline et Pierre Santarelli, Historique des Forces Navales Françaises Libres: du 4 août 1943 au 7 mai 1945, t.2, Service historique de la marine, , IX-580p.
Alain Boulaire, La Marine française: De la Royale de Richelieu aux missions d'aujourd'hui, Quimper, éditions Palantines, , 383p. (ISBN978-2-35678-056-0)
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