En 2005, il rejoint le Var à la demande de Dominique Rey, évêque du diocèse de Fréjus-Toulon. Celui-ci cherche alors une communauté attachée à la fois au rite ancien et à l’unité diocésaine. Pour le prêtre, «ce qui se vivait dans son diocèse, ces missions directes sur les plages par exemple, allait dans le sens de [ses] intuitions spirituelles. Quand MgrRey [l']a courageusement appelé à fonder une communauté chez lui, [il a] donc dit oui !». En conséquence, Fabrice Loiseau s'installe dans ce diocèse, où il est incardiné, et crée, en , les Missionnaires de la Miséricorde divine, fondés sur la spiritualité de sainte Marie-Faustine. Pour Famille chrétienne, cette communauté «allie tradition et audace charismatique au service de la mission».
En , Fabrice Loiseau renonce à sa charge de supérieur, officiellement pour raisons de santé et laisse la place à Jean-Raphaël Dubrule. Il demeure toutefois curé de la paroisse Saint-François-de-Paule de Toulon.
En , il achète aux enchères, au nom de sa communauté, un local proche de l'église Saint-François-de-Paule, ancienne sacristie transformée en bar gay, qu'il transforme à son tour en «bar de la miséricorde»,,.
