En 1576, l'évêque de Lavaur, Pierre Danès, se démit de son évêché en faveur de Génébrard à cause de ses mérites. Mais les États généraux de Blois ne confirmèrent pas ce choix. Vexé, il se jeta comme partisan de la Ligue.
En 1585, il participa néanmoins avec ses collègues royaux à une pétition de soutien au professeur de mathématiques et médecin Henri de Monantheuil, par la publication d'un Placet présenté au Roy pour le rétablissement du dit Monanthueil; on y trouve également les signatures de Jean Cinquarbres, Louis Duret, Nicolas Goulu, Jean Passerat, Jean Pèlerin et Jacques Helias.
Gilbert Génébrard était considéré comme l'un des hommes les plus savants de son siècle. Il travaillait quatorze heures par jour. Il eut pour amis un grand nombre de savants et de cardinaux. Le cardinal de Richelieu passant à Riom devant sa maison se serait écrié: «O veneranda domus!».
Pantaléon Thévenin le cite dans son commentaire de "La Sepmaine" de Du Bartas, Cinquième Jour, au vers 92: «Et Daire en trois batailles les histoires sont communes és autheurs allegués, ce Daire fut le dernier Roy Persien, deconfit entierement en l’an du monde de 3779. selon Genebrard».
Publications
Couverture originale d'un livre publié en 1584
Chronologie sacrée
Commentaire sur les Psaumes, "Psalmi Davidis vulgatâ editione, calendario hebraeo, syro, graeco, latino, hymnis, argumentis, et commentariis, etc. instructi" (Paris, 1577)
Trois livres de la Trinité, "De Sanctâ Trinitate" (Paris, 1569)
Traduction en français de Flavius Joseph, 2 volumes (1574)
Traité pour soutenir les élections des évêques par le clergé et par le peuple contre la nomination du roi dans lequel il rejette le régime de la commende.
De sacrarum electionum jure ad ecclesiæ romanæ integrationem (Paris, 1592), ouvrage qui le fit exiler à Semur-en-Auxois
François Grudé sieur de la Croix du Maine, Premier volume de la Bibliothèque du sieur de La Croix-du Maine, qui est un catalogue général de toutes sortes d'autheurs qui ont escrit en françois depuis cinq cents ans et plus jusques à ce jour d'huy.., chez Abel l'Angelier, Paris, 1584, p.126-127(lire en ligne)
(la) Paul Colomiès, Gallia orientalis sive gallorum qui linguam hebræam vel alias orientales excoluerunt vitæ, Adrien Ulacq, 1665, p.87-91(lire en ligne)
Abbé Claude-Pierre Goujet, Mémoire historique et littéraire sur le Collège royal de France, Augustin-Martin Lottin, Paris, 1758, p.295-309(lire en ligne)
Revue historique de la noblesse, Au cabinet héraldique, Paris, 1846, tome IV, p.215-216(lire en ligne)
Pierre-Claude Tailhand, Études sur G. Génébrard, Riom, 1864.
Ambroise Tardieu, Grand dictionnaire biographique du Puy-de-Dôme, Moulins, 1878, p.57.
