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Henri Munier (né le à Meursault et mort au Caire) est un historien et un bibliographe français, spécialiste de l'Égypte et de la civilisation copte.
Petit-fils d'Antoine Mourès, éditeur de Mariette, fils de Jules Munier, journaliste au Caire, Henri Munier passe les premières années de sa vie en Bourgogne, où il fait des études de Lettres.
Il est embauché en 1908 par Gaston Maspero, directeur général des antiquités en Égypte, en qualité de responsable de la Bibliothèque du nouveau musée, inauguré quatre ans auparavant. Il y mène un important travail de bibliographie en créant les catalogues et index du musée, en particulier en égyptologie, en langue et archéologie copte.
En 1924, alors que la nationalité égyptienne venait d'être créée (auparavant les Égyptiens étaient sujets de l'Empire ottoman), les fonctionnaires ne pouvaient plus être étrangers. Le roi Fouad le nomme alors secrétaire de la Société royale de géographie. Il y poursuit ses recherches en bibliographie et géographie. Il y créa avec le père Bovier-Lapierre le musée d'ethnographie que l'on peut toujours visiter.