Nommé gouverneur de la Martinique le , il se montre plutôt autoritaire et s'affronte avec certains responsables politiques en place, notamment Marius Hurard. Il quitte la Martinique pour rejoindre son corps d'origine: la marine où il est promu contre-amiral en 1882.
Il doit sa célébrité à avoir été la tête de file de la Jeune École, doctrine navale préconisant le recours à une multitude de petites unités plutôt qu'à des navires de lignecuirassés. En 1882, il publie un opuscule, La guerre maritime et les ports militaires de la France, qui expose ses théories. Son gendre, le journaliste Gabriel Charmes, rédigera de nombreux articles favorable à cette théorie.
Ministre de la Marine dans le cabinet Freycinet, du au , il peut mettre ses théories en application. À ce poste, il est aussi celui qui autorise la construction du premier sous-marin, le Gymnote.
Après son départ du gouvernement, il n'obtint plus de poste jusqu'à sa mort. Il demanda même que ne lui soient pas, à sa mort, rendus les honneurs militaires.
Le croiseur Amiral Aube, lancé le a porté son nom. Il a été décoré comme Grand-officier de la Légion d'honneur en 1888.
Une Préparation Militaire Marine porte également son nom depuis 2004, à Troyes dans l'Aube. Située sur la base Air de Prunay-Belleville, la PMM «Amiral AUBE» forme une soixantaine de jeunes par an aux rudiments de la mer et à la vie de marin militaire.
Publications
De la Marine française, Rochefort, 1874;
Un nouveau droit maritime international, Paris 1875;
Entre deux campagnes, 1881;
La guerre maritime et les ports militaires de la France, Paris, 1882;
Italie et Levant, Paris, 1884;
A terre et à bord, Paris, 1884;
«Défense nationale, défense des colonies», dans Atlas Colonial, H. Mager ed., Paris, 1885.
: document utilisé comme source pour la rédaction de cet article.
Rémi Monaque, «L'amiral Aube, ses idées, son action», dans L'évolution de la pensée navale (dir. Hervé Coutau-Bégarie), p.133 & s., Economica, 1994.
Martin Motte, Une éducation géostratégique: la pensée navale française de la Jeune École à 1914, Paris, Economica, 2004,
Paul Baquiast, La Jeune École de la Marine française, la presse et l'opinion publique, mémoire de DEA sous la direction du professeur Jean Meyer, Paris IV, 1987
Michel Depeyre, Entre vent et eau, un siècle d'hésitations tactiques & stratégiques 1790-1890, Economica, Paris 2003 (ISBN2-7178-4701-4).
(de + fr) Volkmar Bueb, Die «Junge Schule» der französischen Marine. Strategie und Politik 1875-1900, Harald Boldt Verlag, Boppard am Rhein 1971. En: Militärgeschichtliches Forschungsinstitut (Editeur): Wehrwissenschaftliche Forschungen, Département Militärgeschichtliche Studien, Volume 12. (En allemand avec des citations en français. Le titre veut dire: «La Jeune École» de la marine française. Stratégie et politique entre 1875 et 1900(ISBN3-7646-1552-4). «… la seule étude vraiment exhaustive du sujet» selon Francois-Emmanuel Brézet). Le livre est épuisé. Seulement dans les bibliothèques scientifiques.
Laurent Henninger et Martin Motte, «L'amiral Aube et la jeune école : la torpille à toutes faims utiles», Guerres et Histoire, no21 Hors-série, , p.116-119.
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Marine impériale française
