Deux atomes isoprotoniques sont deux atomes qui ont un même nombre de protons, mais qui n'ont pas nécessairement la même charge, soit un nombre d'électrons différent.
Cette notion s'applique également à des radicaux chimiques totalisant un même nombre de protons.
Il est intéressant de comparer les propriétés chimiques des radicaux qui sont à la fois isoélectroniques et isoprotoniques par rapport à un élément, par exemple CH et N, CH2 et O, CH3 et F, etc.