Javier Pascual Rodriguez commence sa carrière professionnelle en 1995 dans l'équipe Santa Clara. En 1997, il rejoint Kelme. Deux ans plus tard, il remporte le Tour d'Andalousie. En début de saison 2000, il termine notamment 5e de Paris-Nice.
En , il fait partie des coureurs cités dans l'affaire Puerto. Il est blanchi le mois suivant par la justice espagnole, comme plusieurs de ses coéquipiers. Cette affaire est cependant fatale à l'équipe Comunidad Valenciana qui disparaît en fin de saison, et à la carrière de Javier Pascual Rodriguez qui ne trouve pas de nouvelle équipe.
