Jean Benner est proche d'un autre peintre alsacien, Jean-Jacques Henner, auquel il dédie quelques pages après la disparition de celui-ci. Les deux artistes ont réalisé mutuellement leurs portraits.
En 1866 il est séduit par l'île de Capri, puis épouse la fille de son hôte, Margherita Pagano. Jusqu'à la fin de sa vie il effectue de fréquents séjours sur l'île qui devient pour lui une source d'inspiration majeure.
De son union avec Margherita Pagano, naîtront quatre enfants: Elise, qui décède en bas âge, Emmanuel-Michel dit Many, Marguerite (qui épousera le peintre Edmond Suau) et Jeanne, tous trois artistes-peintres.
Édouard Benner, Tableaux généalogiques de l'ancienne famille patricienne Benner de Mulhouse depuis la dernière moitié du XIVe siècle à 1894, impr. F. Sutter, 1894
Patrick Cabanel, «Emmanuel et Jean Benner», in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 1: A-C, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2015, p.233-234(ISBN978-2846211901)
Catherine Galliath, Jean et Emmanuel Benner, peintres jumeaux: deux vies, deux œuvres, Université de Strasbourg 2, 1993 (mémoire d'Histoire de l'art)
Gabriel Vicaire, «Benner Emmanuel et Jean», in L'Alsacien-Lorrain. Biographies alsaciennes et portraits en photographie, Meyer Antoine, Colmar, 1883, 3 p.