Il est d'abord conservateur aux Archives nationales de 1958 à 1961. Agrégé d'histoire en 1961, il est nommé professeur au lycée d'Orléans pour l'année 1961 et suivante. Il obtient ensuite un poste d'attaché de recherche au CNRS qu'il occupe de 1962 à 1964[réf.nécessaire].
Il soutient en 1967 sa thèse de doctorat ès lettres sur Les Finances pontificales à l'époque du grand Schisme d'Occident[réf.nécessaire].
Il suit d'abord une carrière d'universitaire comme maître de conférences à l'université de Rennes (au Centre universitaire de Brest 1964-1966), comme professeur à l'université de Rouen (1966-1969), puis à Paris, comme directeur d'études à l'École pratique des hautes études (1965-1997) et enfin professeur à l'université Paris-Sorbonne en 1969. Jusqu'en 1997 il y enseigna la paléographie médiévale.
Parallèlement à sa carrière d'enseignant-chercheur, il occupe des fonctions de premier plan dans l'administration de la Culture. En 1975 il est nommé directeur général des Archives de France (assumant aussi directement la direction des Archives nationales), fonctions qu'il occupe pendant 19 ans, de 1975 à 1994, et qui sont marquées par la promulgation d’une nouvelle loi sur les archives, la construction de très nombreux bâtiments d’archives tant à Paris que dans les départements et une activité internationale très importante. Puis, de 1994 à 1997, il est le premier président de la Bibliothèque nationale de France.
De 1979 à sa dissolution en 1998, il préside l'Association française pour les célébrations nationales. Il présidera ensuite, de 2008 à 2012, le Haut comité des célébrations nationales (devenu «des commémorations nationales» en 2011).
Publié en 1978 après de nombreuses publications savantes, son livre Philippe le Bel le fait découvrir d'un large public et inaugure une longue série de publications essentiellement aux éditions Fayard où il dirige aussi, de 1992 à 1995 une Histoire de France en six tomes dont il rédige le second tome intitulé Le Temps des principautés. De l'an mil à 1515 ainsi qu'un Dictionnaire de la France médiévale, paru en 1993.
Jean Favier a été marié de 1956 à sa mort avec l'archiviste Lucie Favier.
Passionné par l'orgue, il était aussi organiste amateur et se produisait dans des auditions privées, de même qu'il était membre du jury dans des concours consacrés à cet instrument.
Publications
«Introitus et exitus» sous Clément VII et Benoît XIII, Rome, Istituto di paleografia dell' Università di Roma, 1957.
12Philippe-Georges Richard, «Les Commémorations nationales: une mission du ministère de la Culture et de la Communication», Gazette des archives, Persée - Portail des revues scientifiques en SHS, vol.236, no4, , p.17–27 (DOI10.3406/gazar.2014.5159, lire en ligne, consulté le ).
