Entrée en 1991 à Libération comme journaliste politique, Judith Perrignon collabore à la page «Portrait» du journal, avant de quitter celui-ci en . Depuis, elle est rédactrice pigiste aux revues Marianne, M, le magazine du Monde et XXI, et a écrit plusieurs livres.
Plusieurs de ses ouvrages sont issus de reportages qu'elle a réalisés pour France Culture. C'est le cas pour Le jour où le monde a tourné, qui parle des années Thatcher, pour Notre guerre civile, sur le personnage de Louise Michel, ou encore L'Autre Amérique sur Franklin Delano Roosevelt.
La Nuit du Fouquet's, cosigné avec Ariane Chemin, Fayard, 2007 Le livre revient sur la nuit qui suivit l'élection à la présidence de la République de Nicolas Sarkozy en 2007.
Lettre à une mère et Les Secrets des mères, avec le professeur René Frydman, L'Iconoclaste, 2008
L'Intranquille: autoportrait d'un fils, d'un peintre, d'un fou, cosigné avec Gérard Garouste, L'Iconoclaste, 2009