Il y suit un programme conservatoire d'art dramatique de deux ans à Circle in the Square. Son premier rôle à Broadway était dans une pièce appelée Any Given Day au théâtre Longacre.
Justin Kirk est plus connu pour son interprétation du rôle de Prior Walter dans la télésuite de la pièce de Tony Kushner, Angels in America, réalisée par Mike Nichols, et pour laquelle Kirk est nommé pour l'Emmy Award du meilleur acteur de soutien dans une mini-série. Il apparaît aussi dans la pièce et le film Love! Valour! Compassion!, et reçoit un Obie Award collectif pour la prestation d'ensemble du casting.
Justin Kirk joue aussi dans Chapter Zero, The Eden Myth et Call o' the Glen, et il fait ses débuts dans la série télévisée Jack and Jill.