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Il a d'abord étudié le piano à Dresde puis la composition auprès de Daniel Gottlob Türk à Halle. En 1801, il était présenté comme un «musicien de chambre à Berlin». En 1802, pendant son séjour à Saint-Pétersbourg, il prend des cours auprès de Muzio Clementi.
Lors d'une séjour ultérieur en Russie, il est le professeur du jeune Mikhaïl Glinka, qui est rebuté par son enseignement théorique, bien qu'il fasse des progrès en tant que pianiste. En plus de son travail d'enseignant, il entreprend des tournées de concerts régulières. Il est à Paris en 1803 et à Vienne en 1805, où il s'installe brièvement. Zeuner admire Ludwig van Beethoven qu'il a rencontré à Vienne. À Saint-Pétersbourg, Zeuner a transmis son enthousiasme et sa compréhension de la musique de Beethoven au prince Nicolas Borisovitch Galitzine(en), aussi promoteur de musique, qui était proche de lui, et qui est ensuite entré en contact avec Beethoven lui-même et auquel il a commandé en 1822 des quatuors pour cordes (les quatuors opus 127, op 130 et op 132 qui lui sont dédicacés).
Il est retourné dans sa ville natale et a continué à faire des tournées en Europe en tant que pianiste concertiste à succès jusqu'à peu de temps avant sa mort lors d'une visite à Paris.
Charles Zeuner a été un des compositeurs qui ayant mis en musique le poème In questa tomba oscura de Giuseppe Carpani. Il a écrit quelques pièces pour piano, habiles sinon inspirées, de la musique de chambre et des chansons très en vogue à son époque. Ceux-ci comprenaient des fantaisies et variations pour piano, une Polonaise pour duo avec piano op.10, des quatuors à cordes (op.12, 13 et 15), deux concertos pour piano (op.12 en sol et op.13 en mi bémol) et plusieurs ballets.
