Lagynochthonius kapi est une espèce de pseudoscorpions de la famille des Chthoniidae.
Cette espèce est endémique des îles Krakatoa en Indonésie. Elle se rencontre sur Rakata (en) et Anak Krakatoa.
Les mâles mesurent de 0,88 à 0,98 mm et les femelles de 0,94 à 1,10 mm.
Son nom d'espèce lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, le Kapi.