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Luigi Pernier (né le à Rome et mort le à Rhodes) est un archéologue italien né dans une riche famille de propriétaires terriens d'origine française.
Il fait des études de lettres puis devient élève de la Scuola di archeologia de Rome (1897). En 1900, il est intégré à la mission italienne en Crète. Federico Halbherr lui confie alors les fouilles de Phaïstos.
En 1909, il devient directeur de l’École italienne d'archéologie à Athènes qu'il organise. Surintendant des fouilles d'Étrurie (1916), il enseigne l'archéologie à l'Institut d'études supérieures de Florence puis occupe la chaire d'archéologie de l'université de Florence (1922).
Il fouille à Cyrène en 1925 puis, à la mort de Helbherr, dirige la mission de Crète. Il meurt brutalement lors d'une mission à Rhodes.
Membre de la Mission archéologique italienne de Crète, Luigi Pernier effectua des fouilles à Phaistos et Aghia Triada. En , il a découvert le Disque de Phaistos.