Minimum information required in the annotation of models

Description de référence

• le modèle doit être encodé dans un format public, standard et lisible par une machine (SBML, CellML, GENESIS (en)…) ;
• le modèle doit respecter le format dans lequel il est encodé (être valide) ;
• le modèle doit être clairement lié a une unique description de référence (une publication scientifique, par exemple). Si le modèle est composé de différentes parties, il devrait y avoir une description du modèle dérivé/combiné ;
• la structure du modèle encodé doit refléter les processus biologiques listés dans la description de référence ;
• le modèle doit être instancié dans une simulation : tous les résultats quantitatifs doivent être définis, incluant les conditions initiales ;
• une fois instancié, le modèle doit reproduire tous les résultats indiqués dans la description de référence (une marge de différence est cependant acceptée, due aux différences entre algorithmes et aux erreurs d'approximation).

Annotation générale

• le modèle doit avoir un nom ;
• une citation de la description de référence doit être jointe au modèle (citation complète, identifiant unique, URL non ambiguë) ;
• le nom du ou des auteurs du modèle, ainsi qu'un moyen de les contacter, doit être ajouté ;
• la date et l'heure de création et de dernière modification doivent être présentes. Un historique est utile mais non requis ;
• le modèle doit être lié a un énoncé précis des termes de distribution. MIRIAM n'oblige pas un usage "non commercial" ou une distribution dans le "domaine public" du modèle.

Annotation via des ressources externes

• l'annotation doit permettre de lier, de manière non ambiguë, extra information à tout élément constitutif du modèle ;
• l'information référencée doit être décrite en utilisant le triplet suivant : {type de donnée, identifiant, qualificateur},
  • le type de données doit être écrit avec un Uniform Resource Identifier (URI),
  • l'identifiant est celui utilisé par le type de données,
  • type de données et identifiant peuvent être combinés en une seule URI : urn:miriam:obo.go:GO%3A0006915, urn:miriam:uniprot:P62158, etc.,
  • le qualificateur (optionnel) doit affiner le lien entre un élément constitutif du modèle et l'information ajoutée. « has a », « is version of » ou « is homolog to » en sont des exemples.

Afin de convertir cette annotation (en hyperliens par exemple), il est nécessaire de posséder une base de données des URIs utilisées ainsi que d'outils de traitement. MIRIAM Resources a été développée dans ce but : la ressource permet le stockage, la génération et la conversion des URIs des types de données.