Durant son enfance, Marco Manenti s'intéresse d'abord à l'athlétisme. Il finit toutefois par se mettre au vélo pour imiter ses parents, eux-mêmes anciens cyclistes au niveau amateur. Sa première licence est prise au sein de la Ciclistica Trevigliese, une structure implantée à Treviglio,. Dans les rangs juniors, il remporte deux courses disputées en Sardaigne en 2020. Il poursuit ensuite sa carrière chez les espoirs au sein de divers clubs. Manenti ne délaisse pas pour autant ses études en suivant des cours d'ingénierie de gestion à l'université de Brescia.