En 2005, Masterplan publie son deuxième album, Aeronautics, de nouveau produit par Andy Sneap et le groupe. Le troisième album du groupe, intitulé MK II, est publié le . Un nouvel album est annoncé sous le titre de Novum Initium et publié le .
Leur premier album, Masterplan, est publié en 2003. Le groupe est alors constitué de Grapow et Kusch avec le chanteur norvégien Jørn Lande. Les parties de claviers de l'album ont été en majeure partie composées par Roland Grapow et Uli Kusch, et c'est Janne «Warman» Wirman, le claviériste de Children of Bodom, qui s'occupe d'enregistrer les claviers sur cet album. Il décide toutefois de continuer avec Children of Bodom bien que Grapow lui propose de rester dans le groupe. C'est Axel Mackenrott qui le remplace pendant la tournée qui suit, puis devient un membre permanent du groupe. Les parties basses de l'album sont jouées par Grapow et le groupe engage Jan-Sören Eckert (Iron Savior) pour occuper la place de bassiste. Le groupe reçoit un European Border Breakers Award de la Commission européenne en 2004, pour le succès de leur premier album en Europe.
En 2005, Masterplan publie son deuxième album, Aeronautics, de nouveau produit par Andy Sneap et le groupe. Après deux albums et leurs tournées respectives, pendant l'écriture de leur troisième album, le groupe décide de se séparer de Jørn Lande, invoquant des «différences musicales» comme raison de ce choix. Le groupe reste tout de même en bons termes avec Jørn Lande puisque celui-ci continue de jouer dans les concerts déjà programmés le temps que le groupe trouve un nouveau chanteur.
MK II et Time to be King (2006–2010)
Le , Uli Kusch annonce son départ groupe dans une interview. Le , Masterplan annonce sa nouvelle formation sur leur site officiel; elle comprend Grapow, Mackenrott, Eckert, avec Mike DiMeo (Riot) au chant et Mike Terrana (ex-Artension, ex-Rage, Metalium). Le groupe fait une tournée en première partie de Saxon pour le Inner Sanctum Tour. Le troisième album du groupe, intitulé MK II, est publié le . Andy Sneap s'occupe de la production et l'album est enregistré en septembre et .
Le , le groupe annonce qu'il est en phase d'écriture pour le quatrième album. Cet album devrait sortir en 2010. Le , Mike DiMeo confirme sur sa page MySpace qu'il quitte Masterplan. Durant le mois de , le groupe annonce le très attendu retour de Jørn Lande au son sein,.
Le , le quatrième album du groupe est terminé. Le nom de l'album est Time to be King et la sortie prévue pour le via AFM Records. Le , AFM Records annonce que la sortie de l'album est reportée pour le et à la place de l'album sortira le single Far From the End of the World le .
Novum Initium (2012-2017)
En juillet 2012, Martin Marthus Škaroupka (batteur à Cradle of Filth) annonce qu'il jouera dans le nouvel album de Masterplan. En début novembre, Rick Altzi et Jari Kainulainen sont annoncés comme les remplaçants de Jørn Lande et Jan Eckert pour l'album à venir. En , Roland explique au Metal Shock Finland les raisons du départ de Jørn: «Tout le monde attendait quelque chose de Jørn, mais c'était très instable. [...] Pour être honnête, ça fait deux ans que je n'ai pas entendu parler de lui. On est toujours amis, mais on ne se contacte plus,.» Le , le nouvel album est annoncé sous le titre de Novum Initium et publié le au label allemand AFM Records.
En 2015, sort le premier album et DVD live du groupe, intitulé Keep your dream alive.
PumpKings et pause (2017-2024)
En Italie, le , Roland Grapow confirme l'arrivée du batteur Kevin Kott d'At Vance en remplacement de Martin Marthus Škaroupka, qui se consacre à Cradle of Filth. Ils prévoient aussi un nouvel album comprenant des réenregistrements.
Cet album, intitulé PumpKings, paraît le 28 juillet 2017 chez AFM Records et constitue le premier enregistrement studio du groupe avec Kevin Kott. Sa sortie coïncide, de manière fortuite selon Grapow, avec la tournée de réunion de Helloween à laquelle il n'avait pas été convié, ce qui suscite des spéculations sur une possible intention de revanche de la part du guitariste; celui-ci dément cette interprétation dans plusieurs interviews ultérieures, affirmant ne pas vivre tourné vers son passé au sein de Helloween. L'accueil critique de PumpKings est partagé, certains observateurs saluant la qualité de l'interprétation tandis que d'autres jugent l'exercice de reprise moins pertinent que la production originale du groupe.
À la suite de cette parution, Masterplan entre dans une période d'inactivité prolongée, sans nouvelle sortie studio ni tournée notable pendant plusieurs années.
Metalmorphosis (depuis 2024)
Le groupe rompt ce silence au début de l'année 2024 en annonçant la publication d'un nouveau titre, «Rise Again», accompagné de l'annonce d'une tournée.
En 2025, Masterplan confirme travailler à l'achèvement d'un nouvel album studio. À cette occasion, le groupe annonce également son changement de maison de disques, quittant AFM Records — son label historique — pour rejoindre Frontiers Music Srl. Dans les interviews accompagnant cette annonce, Grapow indique avoir voulu s'orienter vers une approche plus directe et moins progressive que par le passé, tout en conservant certains éléments caractéristiques du son du groupe. Ce choix esthétique donne son titre à l'album, «Metalmorphosis». Grapow précise par ailleurs que trois clips vidéo ont été tournés en amont de la sortie.
L'album paraît le 26 juin 2026. Sa réception critique est globalement favorable: plusieurs publications spécialisées saluent un retour à une esthétique plus directement ancrée dans le power metal, tout en conservant des éléments progressifs propres au groupe, et soulignent la qualité du travail de production assuré par Grapow lui-même.
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