Rukn al-Din Muhammad II ibn Mahmud (1128–1159) fut sultan de l'Empire seldjoukide de 1153 à 1159. Il était le fils de Mahmud II et le frère de Malik-Chah III. La Cambridge History of Iran note que le sultan Muhammad « s'efforça énergiquement de restaurer l'autorité déclinante de sa dynastie en Irak ».
Muhammad II ibn Mahmud fut élevé dans le Fars aux côtés de son frère Malik-Shah III. En 1148, leur oncle, le sultan Ghiyath ad-Din Mas'ud — qui n'avait pas d'héritier et se trouvait en position de faiblesse — désigna Malik-Shah III comme héritier et lui donna sa fille en mariage. Le 13 septembre 1152, Mas'ud mourut à Hamadan, et Malik-Shah III monta sur le trône. En 1153, Muhammad, qui se trouvait alors au Khuzestan, marcha sur l'Irak, déposa son frère Malik-Shah III et s'empara lui-même du trône seldjoukide. Parallèlement, les Abbassides, en pleine insurrection sous l'autorité du calife al-Muqtafi, s'en prenaient aux Turcs présents en Irak ; en 1155, ils apportèrent leur soutien à un prétendant rival, Suleiman-Shah. Par ailleurs, al-Muqtafi envoya une armée conquérir le Jibal, mais celle-ci fut défaite par Muhammad. En 1157, Muhammad marcha vers Bagdad, capitale des Abbassides, à la tête d'une armée de 30 000 hommes, tandis que son allié, le Zengide Qutb ad-Din Mawdud, partait de Mossoul pour s'emparer des provinces du califat situées dans le centre de l'Irak. Le 12 janvier, Muhammad atteignit les remparts de la partie occidentale de Bagdad.
En réaction, le calife rassembla toutes ses troupes, venues de Hillah et de Wasit, pour défendre la capitale. En février, se trouvant dans l'incapacité de défendre l'ouest de Bagdad, le calife abandonna cette partie de la ville et ordonna la destruction de tous les ponts enjambant le Tigre, fleuve qui sépare la rive occidentale de la rive orientale de Bagdad. Muhammad traversa vers la rive occidentale, s'en empara aisément et y établit son camp, tandis que, simultanément, le calife faisait fortifier les remparts de la partie orientale de Bagdad. Plusieurs catapultes et balistes furent installées sur les murailles de la cité. Le calife arma également les habitants de Bagdad, leur fournissant cuirasses et armes, et les incita à combattre les ennemis du califat — qu'il qualifiait d'« infidèles », puisqu'ils menaient la guerre contre le calife, successeur du Prophète et chef de la *oumma*. Il ordonna par ailleurs à son vizir, Awn ad-Din ibn Hubayra, de verser cinq dinars d'or à chaque soldat blessé.
Le 4 mars, le sultan Muhammad et son allié Zayn ad-Din — vizir de Qutb ad-Din — attaquèrent la partie orientale de Bagdad et bombardèrent la ville. L'armée de Bagdad parvint à repousser l'assaut, grâce au courage des habitants de la cité et des naffatuns (spécialistes du feu grégeois).
Le 29 mars, les Seldjoukides réparèrent l'un des ponts et franchirent le fleuve pour atteindre la rive orientale, où ils engagèrent des escarmouches contre l'armée du calife et les milices locales de Bagdad. Les *naffatuns* détruisirent plusieurs catapultes. Les Seldjoukides tentèrent de forcer une porte à l'aide d'un bélier, mais celui-ci fut anéanti par les catapultes postées sur les remparts. L'issue des combats demeura indécise pour les deux camps. Le 29 juin, le sultan Muhammad ordonna à ses troupes de gravir les murailles ; il avait fait préparer à cet effet 400 échelles, mais l'assaut fut repoussé face à une pluie de projectiles et aux lourdes pertes subies. Entre-temps, Nur ad-Din Zangi reprocha à son frère Qutb ad-Din d'avoir attaqué les domaines du calife, ce qui entraîna la rupture de l'alliance entre les Zengides et les Seldjoukides. Zayn ad-Din leva alors le siège et retourna à Mossoul.
Muhammad se vit lui aussi contraint de lever le siège, après avoir été informé que son frère, Malik-Shah III, s'était emparé de Hamadan. Comprenant que la poursuite du siège était vaine, il choisit de se consacrer à la défense de son propre trône. Ainsi prit fin le siège de Bagdad, le 13 juillet 1157. Muhammad parvint peu après à repousser Malik-Shah III, mais tomba malade durant cette période et finit par mourir en 1159 à Hamadan. Le puissant émir de Ray, Ïnanch Sonqur, plaça alors Suleiman-Shah sur le trône seldjoukide.
L'une de ses épouses fut Gawhar Khatun, fille du sultan Ghiyath ad-Din Mas'ud et de Gawhar Khatun, elle-même fille d'Ahmad Sanjar. Elle avait été précédemment mariée au frère de Muhammad, Dawud. Cependant, leur entente fut difficile et, après la mort de Dawud, Mas'ud la donna en mariage à Muhammad en 1146. Elle mourut en 1154-1155, et Muhammad en fut profondément affecté. Une autre de ses épouses fut Mahd Rafi Khatun, également connue sous le nom de Kirmani Khatun. Elle était la fille de Kirman Shah, fils d'Arslan Shah. Ils se marièrent en 1159 ; l'union fut célébrée par Imad al-Din Abd al-Samad Shaybani. Elle fut conduite à Hamadan, la capitale, en juillet-août 1159, et le sultan alla à sa rencontre. Il ne put toutefois consommer le mariage en raison de sa maladie. Il mourut cinq mois après la noce. Une autre épouse fut Kerman Khatun, fille du calife abbasside Al-Muqtafi. Leur mariage eut lieu vers la fin de l'année 1158 ou au début de 1159. Là encore, il ne put consommer l'union en raison de sa maladie. Muhammad eut un fils, qu'il confia pour sa protection à l'atabeg Hasbeg bin Ak-Sungur Ahmedili, lequel l'emmena à Maragheh.