Durant sa thèse de science politique, à partir de 1978, Pascal Perrineau est assistant de recherche à la Fondation nationale des sciences politiques, puis attaché jusqu'en 1982.
Il est nommé cette année-là, après avoir été reçu à l'agrégation, professeur à l'Institut d'études politiques de Grenoble. Il y enseigne jusqu'en 1986, date à laquelle il obtient un poste à l'université de Tours au sein de la faculté de droit.
En 1991, il est recruté comme professeur à l'IEP de Paris, où il a la charge de plusieurs cours sur le vote, l'analyse des comportements et des attitudes politiques, la science politique et l'extrême droite en France et en Europe.
De 1992 à 2013, il est directeur du CEVIPOF, succédant à Annick Percheron, à la demande d'Alain Lancelot. Il est régulièrement invité comme expert par les chaînes de télévision françaises lors des soirées électorales, pour commenter les résultats, ce qui lui vaut une certaine notoriété auprès du grand public.
En , le bureau du Sénat le nomme membre du conseil d’administration de Public Sénat en qualité de personnalité qualifiée.
En , il est élu président de l'association des anciens élèves de Sciences Po. Il est réélu en 2019 avec près de 80% des voix. Un poste qu'il occupe jusqu'en 2025 après se voir remplacer par Anne Béatrice Schlumberger.
En 2020, il fait partie des trois candidats pour prendre la tête de la FNSP, vacante depuis la démission d'Olivier Duhamel. Il échoue à être élu face à Laurence Bertrand Dorléac.
Alors que Sciences Po traverse une crise marquée par une succession de scandales, et de polémiques,,, qui se traduit par une instabilité de la gouvernance de l'école, Pascal Perrineau dénonce une évolution qui ne permet plus à l'école de faire vivre le pluralisme.
C'est dans ce contexte que le , à la faveur de nouvelles dispositions introduites par un décret de 2021 qui lui confère cette prérogative, le Conseil scientifique de l'IEP de Paris ne vote pas le renouvellement de son éméritat, contre l'avis favorable du directeur de son unité d'enseignement et de recherche.
Le , dans une interview accordée à la chaîne de télévision TF1, le Premier ministre Michel Barnier annonce qu'il a chargé Pascal Perrineau de lui remettre un rapport au printemps 2025 en vue de l'instauration éventuelle du scrutin proportionnel aux élections législatives, revendication de longue date du Front national, puis du Rassemblement national.
Il est l'auteur de nombreux ouvrages et articles sur les comportements politiques, les élections, les idées politiques françaises. Ses recherches portent principalement sur l'analyse des élections, l'étude de l'extrême droite en France et en Europe ainsi que sur l'interprétation des nouveaux clivages à l'œuvre dans les sociétés européennes.
Il est l'un des premiers analystes politiques à identifier les changements sociologiques de l'électorat du Front national en le présentant notamment, dès 1996, comme le « premier parti ouvrier de France ». Il avance alors: «Aujourd'hui, l'enracinement devient véritablement populaire, avec une très forte représentation ouvrière.»
Publications
Ouvrages
Le symptôme Le Pen: radiographie des électeurs du Front national, Paris, Fayard, coll.«L'espace du politique», , 256p. (ISBN2-213-59984-X).
(dir.) Avec Colette Ysmal, Le vote surprise. Les élections législatives des et , Paris, Presses de Sciences po, «Chroniques électorales», 1998 (ISBN2-7246-0734-1).
(en) (éd.) Avec Gérard Grunberg et Colette Ysmal, Europe at the Polls: The European Elections of 1999, New York et Basingstoke (GB), Palgrave, 2002 (ISBN0-312-23895-9).
(dir.), Le désenchantement démocratique, La Tour-d'Aigues, Éditions de l'Aube, «Monde en cours. Essai», 2003 (ISBN2-87678-848-9).
(dir.) Avec Colette Ysmal, Le vote de tous les refus. Les élections présidentielle et législatives 2002, Paris, Presses de Sciences Po, «Chroniques électorales», 2003 (ISBN2-7246-0907-7).
(dir.) Avec Luc Rouban, Politics in France and in Europe, New York, Palgrave Macmillan, 2009.
(dir.), Avec Luc Rouban, La solitude de l'isoloir. Les vrais enjeux de 2012, Paris, Autrement, 2011.
À Virginie Martin, Toulon sous le Front national, Paris, Denoël, 1998.
À Hans-Georg Betz, La droite populiste en Europe. Extrême et démocrate?, traduit de l'anglais par Geneviève Brzustowski, Paris, Autrement, «CEVIPOF-Autrement», 2004 (ISBN2-7467-0451-X).
À Christophe Piar, Comment se jouent les élections. Télévision et persuasion en campagne électorale, Paris, INA éditions, 2012.
Débat
Anne Muxel, Les jeunes et la politique: débat avec Pascal Perrineau, Paris, Hachette, «Questions de politique», 1996. (ISBN2-01-235225-1).
Multimédia
Participation au documentaire de Nicole Weyer, La guerre culturelle du Front national, interview par Laurence Mermoud; participants: Pascal Perrineau, Marie-Pascale Bonnal, Pierre-André Taguieff, Jacques Bompard, Gérard Paquetet al., Genève, Télévision suisse romande, 1997; Paris, Ateliers de diffusion audiovisuelle, 1997. 1 cass. vidéo (VHS) (30 min), coul. (SECAM).
Participations au documentaire de William Karel, Histoire d'une droite extrême. Deuxième partie, Denis Barbier, comp.; Jean-Claude Dauphin, voix; participants: Jean-Yves Camus, Pierre Milza, Ariane Chebel d’Appollonia, Pascal Perrineau et al., Paris, Cinétévé, Centre national de documentation pédagogique, La Sept, 2000. Institut national de l'audiovisuel, 1 cass. vidéo (VHS) (52 min), couleur avec séquences en noir et blanc (SECAM).
