Il enseigne actuellement la théologie spirituelle au Centre Sèvres, est membre associé au CéSor et dirige, depuis , les Recherches de science religieuse. Il est également conseiller à la rédaction de la revue Études.
Il s'est fait connaître du grand public à l'automne 2021, avec la publication de son témoignage-réflexion Prière de ne pas abuser,,.
Méditez et vous vivrez. Une pratique de la spiritualité chrétienne, Bayard, 2021, (ISBN978-2-227-49983-6)
La Compagnie de Jésus. Des Anciens Régimes au Monde Contemporain avec Pierre-Antoine Fabre, Martin Maria Morales (dir.), IHSJ, École Française de Rome, 2020 (ISBN978-8-8704-1381-6)
Les Politiques de l’âme. Direction spirituelle et jésuites français à l’époque moderne, Classiques Garnier, 2019(ISBN978-2-406-09291-9)
Les Conseils de l’Esprit. Lire les lettres d’Ignace de Loyola, Lessius, 2017 (ISBN978-2-87299-322-2)(trad. anglaise en 2021)
Suppression et rétablissement de la Compagnie de Jésus. 1773-1817, avec P. A. Fabre, Lessius, 2014 (ISBN978-2-87299-254-6)
Prendre part à l’intransmissible. La communication spirituelle dans la correspondance de J.-J. Surin, Jérôme Millon, 2008 (ISBN978-2-8413-7237-9)
↑Werner Gaboreau, «Patrick Goujon, Les politiques de l’âme. Direction spirituelle et Jésuites français à l’époque moderne», Archives de sciences sociales des religions, no196, , p.281–283 (ISSN0335-5985, lire en ligne, consulté le ).
↑Agnès Guiderdoni-Bruslé, «Patrick GOUJON, Prendre part à l’intransmissible. La communication spirituelle à travers la correspondance de Jean-Joseph Surin», Revue de l’histoire des religions, no228, , p.464–466 (ISSN0035-1423, lire en ligne, consulté le ).