Paul Honegger (aussi Paul Honecker), né vers 1590 à Mergentheim et mort le à Innsbruck, est un peintre allemand.
Paul Honegger naît en 1590 à Mergentheim en Souabe, fils de Hans Honegger. Il fait ses études à Rome. De là, l'abbé Thomas de Lugga l'aurait amené de Stams au Tyrol vers 1617 afin de lui transférer diverses œuvres dans son monastère. Il devient ensuite citoyen et peintre à Innsbruck, où il meurt en .
Sous l'égide de la princesse Claude de Médicis, épouse du prince tyrolien, l'archiduc Léopold V, Honecker est nommé peintre de cour à Innsbruck.