Univers
Le jeu se déroule toujours dans le système de Gurhal, comme tous les épisodes de la série Universe, à savoir qu'il regroupe trois planètes : Parum, Neudaiz et Moatoob.
Cependant, les joueurs ne fouleront pas le pied de ces planètes directement. Ils resteront sur la nouvelle colonie spatiale Clad 6. Celle-ci appartient à une organisation privée nommée Little Wing. Les joueurs seront également membre de cette organisation et c'est depuis cette colonie spatiale qu'ils pourront partir en mission. Ces dernières se passant sur les planètes du système.
Little Wing est une organisation militaire privée créée par la compagnie mère Sky Clad. Jusqu'à maintenant, Sky Clad n'était qu'une société commerciale spécialisée dans l'hôtellerie et la vente de vêtements.
Little Wing a été créée dans un but d'expansion imprévu. Elle est vite devenue un sujet de désaccord au sein de la société-mère. Il semblerait qu'un des haut gradés de l'entreprise ait vivement insisté à sa création.
Celle-ci s'occupe de boulots de toutes sortes. On raconte même qu'ils accepteraient des missions considérées comme hors la loi. Leur taux de réussite de mission est très important. Ainsi, leur réputation ne cesse de progresser
Histoire
L'histoire se passe 3 ans après l'épisode 3 de Phantasy Star Universe: Ambition of the Illuminus. Les Seed ont disparu de la surface du système, et la guerre a laissé des cicatrices profondes à chaque planète. Les gens du système de Gurhal ont épuisé toutes les ressources et un plan d'évacuation à travers un voyage dans le Subespace est en train de se mener.
Pendant ce temps, les choses s'agitent pour Emilia Percival, jeune fille amnésique qui se retrouve coincée dans un site de recherches à cause de son employeur.En allant plus profondément dans ce site, , elle découvre que même si les Seeds sont partis, des formes de vie semblables ont l'air de commencer à se reproduire un peu partout...
