Darius dans l'ombre d'Alexandre, 666 p., Paris, Fayard, 2003.
Lettre ouverte à Alexandre le Grand, Arles, Actes Sud, 2008.
Alexandre des Lumières. Fragments d'histoire européenne, Paris, Gallimard, 2012.
Alexandre. Exégèse des lieux communs, Paris, Gallimard, 2016.
Sur les traces de l'empire des Grands Rois: enquête historiographique, Paris, Les Belles Lettres, 1156 p., 2025 (ISBN978-2251456706)
Alexandre dans l’ombre de Darius, Paris, Les Belles Lettres, coll. «Docet omnia», 200 p., 2026 (ISBN978-2251460246)
Direction et coordination d'autres travaux
Il coordonne également la publication de nombreux ouvrages dont la collection Persika (Thotm editions, puis De Boccard, puis Peeters), est le fondateur du Réseau international d’Études et de recherches achéménides, du site web Achemenet (site de recherche et de documentations scientifiques sur le monde achéménide).