En 1991, il rejoint France 3 comme directeur des fictions. Professeur à l'université de Paris VIII Vincennes-Saint-Denis, il en devient Président en 2001. En 2006, il est nommé, sur proposition de Gilles de Robien, Délégué interministériel pour l'Orientation et l'insertion professionnelle des jeunes, puis devient chargé de mission auprès de Bernard Kouchner, ministre des Affaires Étrangères.
Paru en 1989, L'insurgé de Dieu, sa première biographie consacrée à l'abbé Pierre, connaît un succès de librairie en se vendant à plus de 500 000 exemplaires.
Suivront 40 ans d'amour (Éditions no1, 1992), Mes images de bonheur, de misère et d'amour (Fixot, 1994), L'abbé Pierre, une vie (Éditions no1, 2006). Il consacre à Sœur Emmanuelle trois ouvrages: Sœur Emmanuelle (Fixot, 1994), Sœur Emmanuelle: Secrets d'une vie (Éditions Anne Carrière, 2001), Sœur Emmanuelle: La biographie (Éditions Anne Carrière, 2006). Dans deux autres livres, il s'intéresse au Père Pedro Opeka, missionnaire à Madagascar.
Son œuvre comporte également des essais polémiques: Les nouveaux rois mages (Omnibus, 1998), Les guérisons miraculeuses: enquête sur un phénomène inexpliqué (Plon, 2002), Un bébé, s'il vous plait! (Éditions Anne Carrière, 2004), Parents, sauvez vos enfants et l'école avec (Albin Michel, 2008).
Plus récemment, il consacre plusieurs ouvrages aux questions d’éducation: La manufacture des ânes, Enseignement de l’histoire: la Bérézina!, puis, en 2007, Fac, le grand merdier? (Éditions Anne Carrière, 2007) traitant du malaise de l’université.
Audiovisuel
Pierre Lunel a également écrit une dizaine de sujets qui ont été produits et diffusés par TF1, France 2 et France 3.
Controverses
La gestion de l'Université Paris VIII de Pierre Lunel a été contestée par Pascal Binczak, son successeur au poste, qui a déposé deux plaintes avec constitution de partie civile pour détournement de fonds publics. Il est condamné le par le tribunal correctionnel de Bobigny pour détournement de fonds.
Ouvrages
1989. L'abbé Pierre. L'insurgé de Dieu. Paris: Éditions no1, (ISBN978-2863913284), prix Gabrielle-d'Estrées
1991. Bob Denard, le roi de fortune. Paris: Éditions no1, (ISBN978-2863914564)
2009. Il nous a tant aimés, Les dernières années de l'Abbé Pierre racontées par ses intimes, avec Laurent Desmard, Paris, Albin Michel (ISBN978-2226193018)
2010-2011. Les Amours de l'histoire de France, Paris, Alphée, (Tome 1 (ISBN9782753805538), tome 2 "Au temps de la reine Margot" (ISBN9782753806429) et tome 3 "Au temps du Vert Galant et des Trois Mousquetaires"(ISBN9782753806863))
2011. Les Trois Princesses de Monaco, Paris, L'Archipel (ISBN2809804931)
2011. Petites leçons de bonheur, Paris, Jean-Claude Gawsevitch (ISBN2350132609)