Chez les Chélicérés, le corps est divisé en 2 parties:
une partie antérieure, le prosome (ou céphalothorax) qui est composé de 8 segments (auxquels s'ajoute une pièce supplémentaire antérieure, l'acron). Comme chez les autres Arthropodes, la bouche se trouve entre les 2e et 3esegments, mais alors que l'on trouve habituellement une paire d'antennes sur le dernier segment préoral, il n'y en a pas chez les Chélicérates. Le prosome porte habituellement des yeux;
une partie postérieure, l'opisthosome (ou abdomen) qui est constitué de 12 segments (et d'une pièce terminale supplémentaire, le telson).
Les segments ne sont guère visibles de l'extérieur, sauf au niveau de l'abdomen chez les scorpions. Chez les opilionides et les acariens, céphalothorax et abdomen sont soudés.
Le système nerveux central ne comprend qu'un protocérébron suivi du tritocérébron autour de l'œsophage.
Appendices
Les appendices sur les segments du prosome sont:
les chélicères: ce sont des pièces buccales faisant office de mandibules, elles donnent leur nom au groupe. Elles se présentent généralement sous forme de pinces cornées, mais peuvent subir des modifications chez certains groupes. Ainsi, chez les araignées, elles sont modifiées en crochets venimeux; chez les tiques, elles forment un tube armé de pointes apte à percer la peau de leur hôte. La plupart des Chélicérates sont incapables d'ingérer de la nourriture solide: ils sont donc amenés à boire du sang ou à projeter leurs sucs digestifs pour digérer leurs proies à l'extérieur du corps (digestion externe);
les pédipalpes: ce sont des appendices couverts de soies sensorielles, ils encadrent l'orifice buccal. Ils ont un rôle tactile et servent à manipuler les proies. Chez les scorpions, les pédipalpes sont modifiés et forment les pinces;
quatre paires de pattes: les pattes du prosome sont uniramées et portent une branchie réduite. Elles permettent de marcher ou de nager. Chez les Arachnides qui tissent des toiles, elles sont aussi utilisées pour la manipulation de la soie.
Les appendices de l'opisthosome sont soit absents soit réduits aux branchies qu'ils portent.
L'espèce Megachelicerax cousteaui(en) découverte en 2026 est un taxonbasal qui établit un pont entre les Habeliida du Cambrien et les Synziphosurina(en) (des chélicérés postérieurs), et confirme l'existence d'un groupe-couronne regroupant les clades Chelicerata, Habeliida, Mollisoniida et sans doute Megacheira. Elle conduit à réorganiser l'arbre des chélicérés, notamment parce que ses chélicères n'ont que trois segments et que son corps est divisé en deux parties, le prosome et l'opisthosome,:
les premiers chélicérés avaient des chélicères à trois segments, les mégacheiriens(en) (avec pinces ou antennes) se sont individualisés avant les chélicérés, et les hypothétiques chélicérés sans chélicères des schistes de Burgess n'en sont pas (groupe frère);
le plan d'organisation prosome-opisthosome des araignées, des limules et des «chélicérés sans chélicères» de Burgess est ancestral, celui des pycnogonides (qui ont un opisthosome vestigial) est dérivé.