Beaucoup de variantes d’interfaces graphiques existent. GNU/Linux peut ainsi s’utiliser de manière très accessible et intuitive.
À la base de tout, on trouve un serveur X chargé des fonctions primitives d’affichage et de la gestion de la souris, de l’écran et du clavier. L’affichage graphique des ordinateurs utilisant Unix fonctionne selon un modèle client-serveur. Les deux principaux serveurs X sous GNU/Linux sont X.org et XFree86; d’autres serveurs comme Xgl et AIGLX permettent d’obtenir des effets 3D ou de transparence (disponibles avec X via compiz).
Par-dessus viennent se «greffer», un gestionnaire de fenêtres et un environnement de bureau(optionnel). Ce dernier englobe un gestionnaire de fichiers, ainsi que divers utilitaires et logiciels visant à fournir une interface graphique cohérente pour l’utilisateur. Les deux plus célèbres sont KDE et GNOME. Citons aussi Xfce, qui est plus léger.