Le prix Nine-Choucroun a été créé en par les héritiers de Nine Choucroun, collaboratrice de Jean Perrin et directrice de recherche à l'Institut de biologie physico-chimique. Elle avait souhaité encourager les jeunes chercheurs à la recherche dans le domaine de la biologie physico-chimique.
Ce prix est décerné sous les auspices de l'Institut de biologie physico-chimique et de la Fondation Edmond de Rothschild pour le développement de la recherche scientifique. Il s'adresse à de jeunes chercheurs travaillant dans le domaine de la biologie physico-chimique et ayant obtenu leur doctorat. La valeur du prix pour l'année 2008 est de 5 000 €.
Le prix est décerné par un jury largement extérieur à l'Institut de biologie physico-chimique et récompense des travaux dans des domaines très divers : chimie théorique, physico-chimie des membranes et des acides nucléiques, biologie moléculaire des procaryotes et des eucaryotes, développement, biologie cellulaire.
En 2010, le prix Nine-Choucroun devient le prix Nine-Choucroun-Fondation Edmond de Rothschild et est attribué en alternance avec le prix Pierre-Gilles de Gennes.