Trois mois se sont écoulés. Tom a été retenu captif par les Aliens. Il est finalement libéré et parvient à rejoindre la seconde division. Le retour de Tom en réjouit certains comme ses fils ou encore le Dr Glass, cependant d'autres ne sont pas vraiment enchantés de son retour. Les survivants font la connaissance d'Avery qui leur apportera un nouvel espoir pour la reconstruction des États-Unis. En effet, à Charleston, en Caroline du sud, d'autres résistants tentent d'installer un gouvernement provisoire. Weaver et Tom décident de s'y rendre.
Alors que Tom est parti depuis trois mois à bord du vaisseau extraterrestre, Hal et Ben tout en cherchant leur père continuent de servir dans les rangs de la résistance. Le capitaine Weaver essaie toujours de coordonner diverses opérations. À bord d'un vaisseau extraterrestre, Tom est reçu par ce qui semble être un des chefs des aliens et découvre quelques-unes de leurs intentions (notamment celle de laisser les hommes vivre dans une zone de sécurité). Tom refuse cette proposition. Il est relâché sur Terre et essaye désespérément de retrouver les siens.
Commentaires
L'audience de ce premier épisode est en baisse par rapport à l'épisode final de la première saison.
Épisode 2: Rendez-vous sur l'autre rive
Titre original
Shall We Gather at the River (trad. litt.: «Nous serons rassemblés à la rivière»)
Tom est de retour au sein de la résistance. Alors que la résistance manque de vivres et doit se déplacer sans arrêt, les extraterrestres mettent en œuvre des moyens colossaux pour parvenir à détruire la résistance. Les actions des résistants se succèdent les unes après les autres. Pendant ce temps, l'état de santé de Tom inquiète beaucoup de membres de la colonie car Anne lui retire bientôt un parasite alien de son œil. Il semble que la sécurité du groupe soit menacée...
Les résistants ont installé leur campement sur un aéroport. Tom est intégré à la bande de Pope afin de surveiller ce dernier. Un avion atterrit subitement. Une jeune femme est chargée d'annoncer qu'un gouvernement provisoire a été mis en place à Charleston où doivent se rendre les résistants. Jimmy et Ben sont attaqués par des rampants pendant une patrouille. Jimmy est mortellement blessé. À la suite d'une bagarre avec Tom, Pope décide de quitter le groupe.
Ben et Hal repèrent une usine occupée par les aliens. Ils se font voler leurs motos par un groupe d'adolescents qu'ils décident d'aider. Parmi eux, se trouve Jeanne, la fille de Weaver.
Épisode 5: Amour et Autres Actes de courage
Titre original
Love and Other Acts of Courage (trad. litt.: «Amour et d'Autres Actes de Courage»)
Rick est retrouvé sous un alien mort. Ben a disparu mais Rick va aider les résistants à le rechercher. Ben est retranché avec l'alien qui a épargné son père et avec qui il communique. Il convainc son père de l'épargner et de le ramener au camp. L'alien déclare à Tom que bon nombre de ses semblables sont prêts à stopper le combat. Ben lui demande d'avoir confiance quand d'autres veulent abattre l'alien. Ce dernier finit par s'échapper et Rick en voulant s'interposer est mortellement blessé. Ben représente désormais un danger pour les résistants et son père en est bien conscient.
États-Unis: 3,61 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Weaver fait un malaise lors d'une réunion. La blessure dont il a été victime lors de l'attaque pour libérer sa fille s'est aggravée. Il tombe dans le coma. Le Dr Glass doit réchauffer son sang afin de tuer l'infection. Maggie et Hal trouvent dans les bois des cadavres d'enfants morts. Parmi eux, git celui de Karen qui respire encore. Elle est mise en quarantaine et Ben s'occupe de sa surveillance. Celle-ci a les mêmes pouvoirs que Ben. Alors que Maggie tente de la tuer, Ben s'échappe avec elle en neutralisant Hal. Pope, blessé, est ramené à l'hôpital. À son réveil, il dit avoir vu Karen il y a deux jours dans la forêt. Elle et les aliens sont à la recherche de Ben.
États-Unis: 3,45 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Karen attire Ben dans un piège mais les résistants réussissent à le sauver et à faire prisonnier le chef des aliens. Ces derniers tentent d'envahir l'hôpital. Karen rejoint l'alien dans sa prison alors que les résistants continuent leur route vers Charleston. Malgré les réticences de son père, Ben quitte le groupe.
États-Unis: 3,34 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Les résistants prennent la route pour Charleston. Après des heures de voyage, ils sont stoppés aux portes de la ville car le pont principal est détruit et la ville semble totalement anéantie. Désespérés, ils font demi-tour. Surgissent alors le colonel Porter et quelques-uns de ses hommes.
Commentaires
Cet épisode signe la plus mauvaise audience de la série mais il faut prendre en compte que les Jeux Olympiques 2012 sont diffusés à la même heure.
Épisode 9: La Nouvelle Démocratie
Titre original
The Price of Greatness - Part One (trad. litt.: «Le Prix de Grandeur - Partie Un»)
Les résistants intègrent la communauté de Charleston qui s'est réfugiée dans un hypermarché souterrain. Weaver y retrouve sa fille Jeanne et Tom son ancien prof d'histoire, Arthur Manchester. Ce dernier est chargé de composer un gouvernement provisoire. Assez rapidement, Tom lui reproche d'avoir abandonné la lutte, préférant attendre que les aliens s'en aillent. Un enfant libéré de son harnais rejoint le groupe car l'alien responsable de la rébellion souhaite parler à Tom. Manchester fait arrêter Tom et ses hommes qui tentaient de s'enfuir. Le général Bessler qui dirige la sécurité du campement les libère, arrête Manchester et prend la direction des opérations.
Épisode 10: Une union plus parfaite
Titre original
A More Perfect Union - Part Two (trad. litt.: «Plus d'Union Parfaite - Partie Deux»)
Ann est enceinte de Tom. Les aliens rebelles et Ben rejoignent les résistants. Ils les persuadent d'attaquer le chef des aliens qui va venir visiter la construction d'une arme. Tom et ses hommes s'y rendent mais ils sont faits prisonniers. Les rebelles les délivrent mais le chef de ces derniers est tué par le grand chef. Tom Mason le venge peu après. En quittant les lieux, les résistants parviennent à faire exploser l'arme. De retour au camp, Hal est souffrant. Il se réveille et découvre qu'un implant est dans son corps. Un nouveau vaisseau arrive près du campement et un alien de forme nouvelle en descend.