Au terme de ses études, elle prend la direction d'Astellas Pharma, une entreprise pharmaceutique, en plus d'un poste de professeure à l'université de Tokyo.
Ebata se déclare opposée à une révision de la Constitution antimilitariste japonaise, révision soutenue par le Parti libéral-démocrate. Elle est également fermement opposée aux politiques Abenomics.
Fortement opposée à la reprise des activités des centrales nucléaires japonaises, elle lutte contre l'utilisation de l'énergie nucléaire, qu'elle soit militaire ou civile.
Ebata se déclare strictement opposée à la visite des politiques au sanctuaire Yasukini, sanctuaire shinto, considéré par certains comme l'un des symboles du passé colonialiste du Japon et des nationalistes. Elle estime également qu'il ne faut pas revenir sur la déclaration Murayama, exprimant des excuses officielles du Japon pour les souffrances qu'il a infligées lors du XXesiècle. Enfin, elle milite pour un rapprochement avec la Chine.
