La virulence désigne l'intensité du pouvoir pathogène d'un micro-organisme (bactérie, champignon, virus, protozoaire). La virulence d'un pathogène létal est facilement mesurable mais celle des pathogènes à effets sous-létaux est plus complexe à évaluer. En médecine, la virulence correspond au degré de rapidité de multiplication d'un virus dans un organisme donné, donc à sa vitesse d'envahissement. Cela ne présume nullement de la gravité de l'affection (éventuellement) engendrée.
En écologie, la virulence est mesurée par la diminution de valeur sélective (survie et/ou reproduction) de l'hôte due à l'infection.
Des conditions minimales doivent être réunies pour qu'un organisme soit virulent aux dépens de l'hôte qu'il infecte ou parasite. Tout pathogène l'est ou le devient parce qu'il est adapté à la niche écologique qu'il occupe ou peut occuper, c'est-à-dire qu'il doit notamment :
Au cours de l'évolution, la sélection naturelle a doté les agents pathogènes de plusieurs stratégies d'adaptation à leur hôte :
Plusieurs de ces stratégies peuvent être utilisées conjointement.
Tout comme la résistance aux antibiotiques, la virulence est un trait de l'agent pathogène qui est soumis à la sélection naturelle et qui évolue. Les organismes traités pour abaisser leur virulence sont dits atténués. C'est un des principes sur lesquels se fonde la vaccination.
Cependant, à moyen et long terme, certaines politiques sanitaires peuvent également sélectionner ou engendrer des hausses de virulence en favorisant des individus plus virulents ou des mutations permettant une virulence accrue.
La théorie de la gestion de la virulence, présentée par Paul W. Ewald, a pour but de comprendre pourquoi et comment la virulence évolue afin de faire évoluer les agents pathogènes vers des formes moins nocives ou de les mettre en concurrence avec des formes moins nocives.
La théorie « traditionnelle » en épidémiologie stipulait que l’évolution tendrait à modifier les relations entre l’hôte et le parasite vers le mutualisme, c’est-à-dire une relation à bénéfice réciproque, dans laquelle le parasite ménagerait son hôte afin d'assurer sa multiplication et sa transmission. La virulence tendrait alors à diminuer afin d’assurer une meilleure transmission. Cette hypothèse est connue sous le nom anglais : avirulence hypothesis. Pourtant, très peu d’exemples de parasites devenus avirulents existent. Les premiers à contester cette pensée furent Anderson et May. En 1982, ils développèrent l’hypothèse du trade-off entre la virulence et la transmission. Contrairement à la théorie traditionnelle, ils estimaient qu’un parasite ne pouvait augmenter sa virulence (et donc écourter la durée d’infection, en tuant l’hôte) sans en payer le prix. Autrement dit, en augmentant la virulence, le parasite diminue rapidement la valeur sélective de son hôte (ce qui diminue sa durée d’infection), et donc la durée pendant laquelle l’hôte peut transmettre ce parasite (sa transmissibilité). Les parasites devraient donc adopter un niveau optimal de virulence. Un parasite développant un taux de transmission plus élevé a donc un coût à payer qui est une durée d’infection moindre. Il existerait donc une virulence optimale pour laquelle le succès de la transmission est maximum.
Le modèle du trade-off, développé par Anderson & May (1982) et Ewald (1983), est basé sur l’idée qu’il n’est pas possible pour le parasite d’accroître la durée de l’infection sans en payer le prix. La valeur sélective d'un parasite peut souvent être approximée par le taux de reproduction R0. Dans le cas de parasites à transmission directe et horizontale, celui-ci peut être exprimé comme suit :
où :
Les bases biologiques du trade-off entre virulence et transmission du parasite impliquent que l’auto-réplication du parasite tendrait à maximiser la virulence et la transmission du parasite. En effet, ces deux paramètres sont positivement liés au taux de réplication du parasite dans l’hôte. C’est-à-dire que lorsque α augmente, β augmente également. Il y a alors apparition d’un compromis évolutif entre virulence et transmission, se traduisant par une évolution vers une virulence intermédiaire optimale. On distingue plusieurs forces sélectives pouvant favoriser une diminution de la virulence, par exemple lorsqu'il y a une diminution de la transmissibilité via une baisse des contacts entre hôtes, ou encore lorsqu’il y a une baisse de la densité des hôtes potentiels. En effet, lorsque le parasite rencontre moins d’hôtes, sa transmissibilité sera moindre, ce qui évolutivement pourrait mener à une baisse de sa virulence. De plus, une autre force sélective qui peut diminuer la virulence est l’augmentation de la mortalité naturelle de l’hôte. En effet, si le parasite fait face à un hôte dont le taux de mortalité naturelle (μ) est déjà fort, la sélection favorisera une diminution de la virulence afin de limiter la baisse du nombre d’hôtes potentiels.
A contrario, les forces sélectives qui peuvent conduire à une augmentation de la virulence sont l’augmentation de la transmissibilité et l’augmentation de la densité en hôtes potentiels. On peut aussi citer la baisse de la mortalité naturelle de l’hôte. Car si l’hôte voit son taux de mortalité naturel diminué, la sélection devrait pousser le parasite à tendre vers plus de virulence. Par ailleurs, lors d’infections multiples, une compétition a lieu entre différentes souches pour l’exploitation de la ressource au sein de l’hôte. Cela donnera lieu à une augmentation de la reproduction du parasite dans l’hôte, donc à une augmentation de la virulence.

Les premières critiques de ce modèle sont formulées par Marc Lipstich et E. Richard Moxon en 1997, qui critiquent le manque de preuves empiriques pour étayer la théorie du trade-off. Dieter Ebert et James Bull en 2003 considèrent eux le modèle comme « trop simpliste ». En effet, en pratique, les relations entre hôtes et parasites sont caractérisées par bien plus que deux paramètres que sont la virulence et la transmission : par exemple, dans le cas des infections multiples (lorsque l’hôte est infecté par différents parasites), il peut y avoir compétition entre eux pour l’accès aux ressources de l’hôte. Ou encore la prise en compte de la réponse immunitaire de l’hôte peut diminuer la virulence. Le modèle trade-off simplifie ainsi la réalité biologique en considérant que la virulence et la transmission du parasite sont indépendantes des caractéristiques de l’hôte. Or, en réalité, ces paramètres sont le résultat d’interactions multiples au sein de l’hôte, par exemple le comportement que peut adopter l’hôte pour contrer l'infection ou d'autres mécanismes une fois l'infection engagée. En réponse à la critique d'Ebert et Bull, il est mis en avant le fait que les confusions viennent souvent de ce que la fonction de fitness du parasite utilisée ne correspond pas à son cycle de vie. Ainsi, Jacobus C. de Roode et alii parviennent à démontrer une relation de trade-off car ils prennent soin d'utiliser une fonction de fitness appropriée au système hôte-parasite étudié.