Genomes OnLine Database

Genomes OnLine Database
Vállalkozás típusabiológiai adatbázis
Oldal típusabiológiai adatbázis
URLgold.jgi.doe.gov

A Genomes OnLine Database (GOLD) internetes forrás a genom- és metagenom-szekvenálási projektekről és metaadataikról szóló információkhoz.. 2011-től a GOLD-ot a Joint Genome Institute működteti.

A GOLD 1997-ben jött létre, első változata 350 szekvenáló projektet tartalmazott, ebből 48 teljesen szekvenáltat közzétett analízisekkel. 1999-től a GOLD növekedési adatai több folyóiratban is megjelennek, és a statisztikai oldalon is megtekinthetők a különböző projektekről szóló információk.

A GOLD v.5 2014. május 28-án jelent meg. 2024. február 27-én a GOLD 60 705 tanulmányról, 204 269 biomintáról, 551 851 szekvenáló projektről, 409 940 analitikai projektről tartalmazott információt összesen 506 278 különböző fajról.

Működés

Szoftver

A GOLD API a Spring Boot 2.0-t használja a felhasználóbarát webszolgáltatásokhoz, a kódhossz csökkentéséhez. Az adathozzáférési réteg a Spring Data JPA-val és a Hibernate ORM-mal valósult meg. A MIxS-csomagok a MIxS 6.0-nak megfelelően jelennek meg, az ökoszisztéma-besorolási oldal, bár hasonlít az Environmental Ontology (ENVO) és az Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) besorolási rendszereihez, több különbség is van köztük az egyszerűség és az adaptálhatóság terén: a GOLD fogalmai nem kimerítőek, nem tartalmaznak minden lehetséges utat adott környezetből, csak egy véges listát az adott minták környezeti jellemzőinek megfelelően.

Ökoszisztémák

A biomintákhoz és élőlényekhez 5 szintes ökoszisztéma-hozzárendelés történik. Az első szint az ökoszisztéma besorolása (környezeti, mesterséges, gazdaasszociált), a második a kategória (például: vízi, épített környezet, soklábúak), a harmadik a típus (például: tengeri, város, integumentáris rendszer), a negyedik az altípus (például: óceáni, metró, kutikula), végül az adott ökoszisztéma következik (például: afotikus zóna, fémfelület, prothorax).:3. ábra

Történet

A GOLD 1997-ben jött létre egy egyszerű számítógépen, első változata 350 genomprojekt adatait tartalmazta, ebből 48 teljes projekt volt analízisekkel.

1999-től a GOLD növekedési, fejlődési adatai több folyóiratban is megjelennek, a statisztikai oldalon részletesebb adatok is megjelennek.

A GOLD v.5 2014. május 28-án jelent meg. 2015. augusztus 5-én a GOLD 67 879 genomszekvenáló projekt adatait tartalmazta, ebből 7210 teljes volt.

A GOLD-ban és más adatbázisokban (például a GenBankben és az EMBL-ben) lévő adatok összehasonlításának könnyítése érdekében a GOLD támogatja a Genomszabványok Biológiai Laboratóriuma által ajánlott minimális információs szabvány metaadat-specifikációit, ezen belül a MIxS-t (Minimum Information about any (x) Sequence). A GOLD ezenkívül lehetővé teszi a genomok vagy metagenomok jelölését a DOE JGI Integrált Mikrobiális Genomrendszerrel, és összeköttetésben áll a BioMed Central Standards in Genomic Sciences folyóirattal, lehetővé téve a metagenomadatok közlését.

A GOLD v.9 2022 augusztusában jelent meg. 2022 augusztusában 54 052 tanulmányt tartalmazott, és a szekvenáló és analitikai projektek száma is jelentősen nőtt – ekkor 485 203 szekvenáló projektet tartalmazott, ebből 308 000 izolált genom- és transzkriptomprojekt. Ezek 67%-a baktériumok, 28%-a eukarióták, 4,2%-a vírusok, 0,8%-a archeák szekvenálása volt, ezenkívül 149 642 metagenom- és 27 560 metatranszkriptom-projekt volt. A GOLD v.9 ezenkívül 368 875 analitikai projektet is tartalmazott. Ezek mintegy 42%-a az IMG-be lett küldve, és rendelkezik IMG-taxon-OID-dal. 61,5%-uk egyes genomokra, 38%-uk metagenomokra és metatranszkriptomokra vonatkozik, 0,5% összetett analitikai projekt. 174 363 biomintát tartalmazott, ebből 43% környezeti, 47% gazdaasszociált, 9% tervezett ökoszisztémákból származik. Az adatbázis 468 058 fajt tartalmaz, 21%-kal többet, mint a GOLD v.8-ban, nagyrészt több mint 30 000 faj és metaadataik BacDive-ból történő importálása miatt.

Jegyzetek

  1. 1 2 Kyrpides NC (1999. szeptember). "Genomes OnLine Database (GOLD 1.0): a monitor of complete and ongoing genome projects world-wide". Bioinformatics. 15 (9): 773–4. doi:10.1093/bioinformatics/15.9.773. PMID 10498782.
  2. 1 2 "JGI GOLD | Home". Hozzáférés: 2024. február 27.
  3. 1 2 3 4 5 Mukherjee S, Stamatis D, Li CT, Ovchinnikova G, Bertsch J, Sundaramurthi JC, Kandimalla M, Nicolopoulos PA, Favognano A, Woyke T, Eloe-Fardosh EA, Chen I-MA, Kyrpides NC, Reddy TBK (2023. január 6.). "Twenty-five years of Genomes OnLine Database (GOLD): data updates and new features in v.9". Nucleic Acids Res. 51 (D1): D957–D963. doi:10.1093/nar/gkac974. Hozzáférés: 2024. február 27.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  4. 1 2 3 Reddy, T. B. K.; Thomas, A. D.; Stamatis, D.; Bertsch, J.; Isbandi, M.; Jansson, J.; Mallajosyula, J.; Pagani, I.; Lobos, E. A.; Kyrpides, N. C. (2014. október 27.). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: a metadata management system based on a four level (meta)genome project classification". Nucleic Acids Research. 43 (D1): D1099–D1106. doi:10.1093/nar/gku950. PMC 4384021. PMID 25348402.

Fordítás

Ez a szócikk részben vagy egészben a Genomes OnLine Database című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.

Kapcsolódó szócikkek

További információk