A homunculus (latin szó, jelentése kicsi ember, emberke) az alkimisták, főként Paracelsus elgondolása szerint: lombikban, vegyi úton előállítható ember, vagy emberszerű lény. A meghatározást későbbiekben összefüggésbe hozták az emberi születéssel: úgy vélték, minden ivarsejtben egy kis homunculus rejtőzik, ami pusztán méretváltással válik emberré. Ezen felül a fogalmat használják arra, hogy illusztrálják egy rendszer működését, ez a homunkuluszparadoxon.
Amikor a XVII. század végén általánosan elfogadottá vált, hogy új egyén két ivarsejt egyesüléséből jön létre, és mikroszkóppal megfigyelték a hímivarsejteket, úgy gondolták, az ondósejtben egy kis homunculus rejlik, amely azután csak méretbeli fejlődésen megy át az anya testében. Az ovulisták elképzelése szerint a női ivarsejtben levő női homunculusban már létezik a következő ivadék, tehát az összes faj elsődleges nőstényének petesejtje Matrjoska-baba-szerűen már magában hordozza az összes további utódját. Ezek az elképzelések preformacionizmus néven váltak ismertté. A régebbi idők technikai korlátai miatt sok ilyesfajta természettudományi kutatás hasonló, ma már abszurd gondolatkísérletnek is teret adott. A későbbiekben a tyúktojáson végzett kutatások kimutatták, hogy az embrió fokozatosan fejlődik ki, ez az epigenesis.
Mary Shelley Frankenstein című művében Victor Frankenstein, kémiával és matematikával foglalkozó tehetséges genfi ifjú egy eleven, mozgó, érző, önmagától cselekvőképes lényt hoz létre.
A homunculusok számos fantasy és sci-fi filmben, sorozatban és játékban megjelennek. Ilyen sorozat például a Fullmetal Alchemist, játékok közül pedig a World of Warcraft.
