Anatómia
A puhatestűek elsődlegesen kétoldalian szimmetrikusak, ami ősi (pleziomorf) jelleg, de bizonyos csoportjaik másodlagosan elvesztették ezt a tulajdonságukat. Testük szeldeletlen, habár a Monoplacophora és Polyplacophora csoportokon megfigyelhetők a szeldeltség jeleinek vélhető jegyek.
Testfelépítésük olyannyira eltérő formákat ölt, hogy nehéz olyan közös bélyeget találni, ami e csoportnál fejlődött ki először, és az összes képviselőjüket egyformán jellemzi (szinapomorfia). Több olyan tulajdonság is van azonban, ami egy-egy kivételt leszámítva, általánosságban jól jellemzi a puhatestűeket. Hagyományosan a három fő testtájat, a köpenyt, a fejet és a lábat emelik ki közös tulajdonságként. A köpeny minden puhatestűben megtalálható a test dorzális részén, legfontosabb feladata a szilárd váz vagy tüskék kiválasztása. A terjedelmes, izmos láb is általános, kivéve a féregcsigáknál, ahol redukált vagy teljesen hiányzik, a fejlábúaknál pedig erősen módosult. A fej, és ezzel együtt a radula, a kagylóknál hiányzik. Ezek mellett igaz még, hogy az ivarszervek és a végbélnyílás mindig a köpenyüregbe nyílik, valamint, hogy a testen két pár ventrális idegköteg fut végig.
Vérkeringés
Egyszerű vérkeringési rendszerük van, bár a hajszálrendszer kezdeménye a magasabbrendű puhatestűeknél már kimutatható. Vérük színtelen, kék vagy piros. Szívük egykamrás a pitvarok száma pedig 1, 2 vagy 4 lehet. Kopoltyúval vagy tüdővel (szárazföldi csigák) lélegzenek.
