Vestì a 36 anni la sua prima maglia gialla dopo la cronometro dell'ottava tappa, nella quale rifilò più di un minuto a tutti gli altri (secondo Floyd Landis). Quattro giorni dopo perse la maglia a favore del francese Cyril Dessel. Vinse anche la diciannovesima tappa, anch'essa a cronometro, con una media superiore ai 50km/h e un vantaggio di 48 secondi su Andreas Klöden e oltre un minuto su Landis.
L'11 maggio 2007 fu sospeso dalla T-Mobile, in seguito alla presunta positività ai test ematici svolti dopo la Liegi-Bastogne-Liegi e il Tour de Romandie. Il 19 giugno la T-Mobile annunciò di aver rescisso il contratto con l'ucraino. Per la stagione successiva Hončar si accasò alla Preti Mangimi, team lussemburghese con licenza UCI Professional Continental. Nel 2009, la sua ultima stagione di attività, ha corso nella Utensilnord/Corratec, formazione Continental polacca. Dopo il ritiro, nel 2012 è stato direttore sportivo presso il team Itera-Katusha, mentre dal 2013 al 2015 è stato nello staff sportivo del team RusVelo.