がんにおける欠乏
ERCC1タンパク質の発現は大腸がんの84%から100%で低下しているか欠如しており、ERCC1の低発現はオキサリプラチン治療患者の予後の悪さを関係していることが報告されている。ERCC1のプロモーターは神経膠腫の38%でメチル化されており、mRNAやタンパク質の発現の低下が引き起こされている。ERCC1のプロモーターはタンパク質コード領域の5 kb上流に位置している。ERCC1タンパク質発現の欠乏は結腸における発がんの初期イベントであるようであり、ERCC1は結腸腺腫の両側10 cm以内（がんが発生しやすい発がん素地）に位置する陰窩の40%で発現が欠損している。
カドミウムとその化合物はヒトの発がん性物質となることがよく知られている。カドミウムによる悪性形質転換時には、ERCC1やMSH2、XRCC1（英語版）、OGG1のプロモーター領域は高度にメチル化されており、これらDNA修復遺伝子のmRNAやタンパク質は次第に減少する。カドミウムによる形質転換時にはDNA損傷も増加する。散発性がん進行時のERCC1タンパク質発現の減少は、変異によるものである可能性は低い。DNA修復遺伝子の生殖細胞系列（家族性）変異はがんの高リスクの原因となるが、ERCC1を含むDNA修復遺伝子の体細胞変異は散発性（非家族性）のがんでは低頻度でしか生じていない。
ERCC1のタンパク質レベルの制御は翻訳段階で行われている。ERCC1のmRNAには野生型配列に加えて3つのスプライスバリアントが存在する。また、ERCC1のmRNAには野生型と3つの代替的転写開始部位が見つかっている。全体的なmRNAの転写、選択的スプライシング、転写開始部位の利用のいずれもERCC1のタンパク質濃度とは相関していない。HIVの感染時には、miRNAによるERCC1の翻訳段階での制御が行われていることが示されている。HIVにコードされているTAR（英語版） miRNAは、ERCC1タンパク質の発現をダウンレギュレーションする。TAR miRNAはERCC1 mRNAの転写は許容するが、P-body（英語版）で作用してタンパク質への翻訳を妨げる。P-bodyはmiRNAと相互作用して標的mRNAの翻訳を抑制したり、分解を開始したりする細胞質顆粒である。
また、乳がん細胞株ではmiRNAのプロモーターの約1/3（55/167）が異常なメチル化（エピジェネティックな抑制）の標的となっている。乳がん自体では、特にlet-7a-3/let-7b miRNAのメチル化が見つっている。このことはlet-7a-3/let-7bがエピジェネティックに抑制されることを示している。let-7aの抑制は、HMGA2（英語版）遺伝子が関与する中間段階を介してERCC1の発現を抑制する。let-7a miRNAは通常はHMGA2遺伝子を抑制しており、正常な成体組織にはHMGA2タンパク質はほとんど存在していない。HMGAタンパク質はクロマチン構造転写因子であり、さまざまな遺伝子の転写を正にも負にも調節する。HMGAは直接的な転写活性化能を示すわけではないが、DNAの局所構造を変化させることで遺伝子の発現を調節する。調節はDNAのATリッチ領域への結合、またはいくつかの転写因子との直接的な相互作用によって行われる。HMGA2はERCC1遺伝子を標的としてクロマチン構造を変化させ、その発現を低下させる。let-7a miRNAのプロモーター領域の高メチル化はlet-7aの発現を低下させ、HMGA2の過剰発現を可能にする。そしてHMGA2の過剰発現はERCC1の発現を低下させる。
