GROMOS

GROMOS
開発元 Wilfred van Gunsteren. Philippe Hünenberger, Sereina Riniker, Chris Oostenbrink
初版 1978年（48年前） (1978)
最新版
GROMOS 11 v1.6.0 / 2023年11月19日（2年前） (2023-11-19)
プログラミング
言語		 Fortran ⇐ 1996,
C++ ⇒ 2011
対応OS Unix-like
プラットフォーム x86
対応言語 英語
種別 分子動力学
ライセンス プロプライエタリ
公式サイト www.gromos.net
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GROMOS（GROningen MOlecular Simulation）は、分子動力学シミュレーションのための力場と関連するコンピューターソフトウェアパッケージの名称である。どちらもフローニンゲン大学と、チューリッヒ工科大学・物理化学研究室コンピューター支援化学グループで開発されている。フローニンゲン大学では、ヘルマン・ベレンゼン（英語版）が開発に参加した。

融合原子（united atom）力場は、アルカンの凝集相の諸性質に関して最適化された。

バージョン

GROMOS87

脂肪族ならびに芳香族水素原子が、炭素原子とそれに付属した水素原子を炭素原子を中心とした1つのグループ（融合原子）として表現することによって陰に含められた。ファンデルワールス力パラメータは炭化水素の結晶構造の計算から導かれ、アミノ酸には短い（0.8 nm）非結合カットオフ半径が使われた。

GROMOS96

1996年、ソフトウェアパッケージをかなり書き直したGROMOS96が公表された。力場も改善された。例えば、脂肪族CHn基は、長い（1.4 nm）非結合カットオフ半径を使用したモデル液体アルカンの一連の分子動力学シミュレーションに基づいて再パラメーター化されたファンデルワールス相互作用を持つ融合原子として表現された。このバージョンは継続的に改良されており、複数の異なるパラメータセットが利用可能である。GROMOS96は分子動力学、確率動力学、エネルギー最小化を含む。エネルギー部分は前バージョンのGROMOS87の一部でもある。GROMOS96は20カ月の間に計画・考案された。このパッケージは40個のプログラムから成り、それぞれが異なる必須の機能を有する。GROMOS96内の重要なプログラムの例としては、分子のトポロジーの構築を担うPROGMTと古典的な分子トポロジーを経路積分分子トポロジーへと換えるPROPMTがある。

GROMOS05

2005年に、更新されたバージョンが発表された。

GROMOS11

現行のGROMOSは、2011年5月に発表された。

パラメータセット

以下にGROMOS力場に基づく力場パラメータセットの一部を示す。Aバージョンはタンパク質、ヌクレオチド、糖の水溶液または非極性溶液に適用される。Bバージョンは孤立した分子（気相）に対して適用される。

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脚注

  1. ↑ Laboratory for Physical Chemistry, ETH Zurich
  2. ↑ Computer-Aided Chemistry Group, ETH Zurich
  3. ↑ “Berni J. Alder CECAM Prize”. Centre européen de calcul atomique et moléculaire. 2016年4月25日閲覧。
  4. ↑ W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual, BIOMOS b.v., Groningen, 1987.
  5. 1 2 3 van Gunsteren, W. F., Billeter, S. R., Eking, A. A., Hiinenberger, P. H., Kriiger, P., Mark, A. E., Scott, W. R. P. and Tironi, I. G., Biomolecular Simulation, The GROMOS96 Manual and User Guide, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich and BIOMOS b.v., Zurich, Groningen, 1996.
  6. ↑ W. R. P. Scott, P. H. Huenenberger, I. G. Tironi, A. E. Mark, S. R. Billeter, J. Fennen, A. E. Torda, T. Huber, P. Krueger and W. F. van Gunsteren. “The GROMOS Biomolecular Simulation Program Package”. J. Phys. Chem. A 103: 3596–3607. doi:10.1021/jp984217f.
  7. 1 2 Schuler, L. D.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. (2001). “An improved GROMOS96 force field for aliphatic hydrocarbons in the condensed phase”. J. Comput. Chem. 22 (11): 1205–1218. doi:10.1002/jcc.1078.
  8. ↑ Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. “The GROMOS software for biomolecular simulation: GROMOS05”. J. Comput. Chem. 26 (16): 1719–1751. doi:10.1002/jcc.20303. PMID 16211540.
  9. 1 2 Schmid N., Eichenberger A., Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A., van Gunsteren W. (2011). “Definition and testing of the GROMOS force-field versions 54A7 and 54B7”. Eur. Biophys. J. 40 (7): 843–856. doi:10.1007/s00249-011-0700-9.
  10. 1 2 Oostenbrink C., Villa, A., Mark, A. E., and van Gunsteren, W. (2004). “A biomolecular force field based on the free enthalpy of hydration and solvation: the GROMOS force-field parameter sets 53A5 and 53A6”. J. Comput. Chem. 2: 1656–1676. doi:10.1002/Jcc.20090.
  11. ↑ Soares, T. A., Hünenberger, P. H., Kastenholz, M. A., Kräutler, V., Lenz, T., Lins, R. D., Oostenbrink, C., van Gunsteren, W. F. (2005). “An improved nucleic acid parameter set for the GROMOS force field”. J. Comput. Chem. 26 (7): 725–737. doi:10.1002/jcc.20193.

関連項目

外部リンク