ニクラス・エンゲリン脱退後、ドラマーのビョーン・イエロッテがギタリストに転向。この転向を受けて、Sacrilegeのドラマー、ダニエル・スヴェンソン (Ds) が加入。この加入によって、Sacrilegeは解散している。これまで、ラインナップが流動的で、メンバーが中々固定されなかったが、この交代劇を最後に約12年間、不動のラインナップとなる。1999年に4thアルバム『Colony』をリリースする。リリース後の7月には、2度目の来日を果たしている。2000年に5thアルバム『Clayman』をリリース。リリース後の2000年11月にアルマゲドンとザ・ホーンテッドと共に三度目の来日。この来日公演のうち、11月16日に赤坂BLITZで行われた東京公演の演奏がライヴアルバム『The Tokyo Showdown』としてリリースされた。
2001年には、スリップノットのサポートで、アメリカ合衆国でツアーを行う。このツアーの後には、アイスド・アース、ジャグ・パンツァー（英語版）と共に再びアメリカツアーを行う。2002年に6thアルバム『Reroute to Remain』をリリース。同アルバムから、フレドリック・ノルドストロームのプロデュースを離れ、ダニエル・ベルグストランドがプロデューサーとして就いている。リリース後には、スレイヤー、ソウルフライと共にアメリカツアーを行った。
引き続き、多数のライヴをこなしつつ、2003年にはEP『Trigger』をリリースし、続いて2004年に7thアルバム『Soundtrack to Your Escape』をリリース。2006年に8thアルバム『Come Clarity』をリリース。同年後半のツアーではイェスパー・ストロムブラードが個人的な理由で離脱し、元メンバーのニクラス・エンゲリンがセッション参加。更に妻の出産を理由にビョーン・イエロッテも離脱。エヴァグレイのヘンリック・ダンヘイジがセッションで参加した。
2009年のツアーから、アルコール依存症の治療と個人的問題の解決のためにバンドリーダーのイェスパー・ストロムブラードがツアーを離脱。ニクラス・エンゲリンが代役を務めた。それから約1年が経過した2010年2月12日、イェスパーが脱退。イェスパーの席を空けておくとの理由で、メンバー補充はされず、引き続きニクラス・エンゲリンがセッション参加していた。しかし、イェスパー脱退から約1年が経過した2011年にニクラス・エンゲリンが正式メンバーとしてイン・フレイムスに再加入した。10thアルバムのレコーディングは2010年終わり頃から行われており、ニクラスは参加していない。センチュリー・メディア・レコードに移籍して、2011年に10thアルバム『Sounds of a Playground Fading』をリリース。
6thアルバム『Reroute to Remain』、7thアルバム『Soundtrack To Your Escape』、8thアルバム『Come Clarity』、9thアルバム『A Sense Of Purpose』、10thアルバム『Sounds of a Playground Fading』に参加。
スウェーデン
