問題点・批判・裁判
包括的利用許諾契約の運用問題
JASRACは非営利目的の運営が法律により定められている一般社団法人だが、スナックやジャズ喫茶、ライブハウスなどでJASRAC管理曲を演奏する場合の使用料負担が重過ぎるとの批判がある。JASRACは包括的利用許諾契約締結を求めているが、包括的利用許諾契約は演奏回数ではなく店舗の客席数や床面積に応じて一律に演奏使用料が決定されるため、JASRAC管理曲の利用頻度が低い店舗は使用料の負担比率が高まる。また、先に使用者側と著作権管理事業者が交わした包括的利用許諾契約は、後から参入した著作権管理事業者との公正競争を阻害するとの指摘がある。
放送分野では、JASRAC管理曲を放送する場合に放送事業者は包括的利用許諾契約か個別契約のいずれかを選択できる。包括的利用許諾契約の場合、放送事業者は放送事業収入の1.5パーセントをJASRACに支払えば、JASRAC管理曲を無制限に放送が可能だった。そのため、JASRAC管理曲を大量に放送する事業者は包括的利用許諾契約を選択することが一般的になっていた。この状態のまま放送事業者が他著作権管理事業者の管理楽曲を使用すると負担が増えてしまうので、他著作権管理事業者の参入は困難になると公正取引委員会は判断した。包括契約問題で指摘されたのは、後発のイーライセンスが当初管理していた大塚愛の『恋愛写真』の放送局での取り扱いだった。
2008年4月23日に、公正取引委員会はJASRACへ立ち入り調査し、2009年2月27日に独占禁止法違反を認定して、排除措置を命令した。2009年7月9日に東京高等裁判所は、JASRACによる執行免除の申し立てを認め、8月6日にJASRACは保証金1億円を一括で供託し、命令確定まで執行停止された。
排除命令に対してJASRACは審判を申立て、2012年6月12日に公正取引委員会は排除命令を取り消す審判を行った。これに対してイーライセンスが申し立てた審決取消し訴訟で、2013年11月1日に東京高等裁判所の飯村敏明裁判長は「この審決の認定は実質的証拠に基づかないものであり、その判断にも誤りがある」として審決を取り消した。11月13日にJASRACは上告し、「イーライセンス対公正取引委員会の裁判に訴訟の結果により権利を害される第三者」（行政事件訴訟法22条1項）として訴訟に参加した。
2015年4月28日に、放送利用割合が反映されない徴収方法は他の管理事業者の参入を困難にするとして最高裁判所は公正取引委員会の上告を棄却し、JASRACが新規参入を著しく妨げているというイーライセンスの訴えを高裁判決が認めた判決が確定判決となった。公正取引委員会は審決を取り消され、従前の排除措置命令が復活した。
2016年2月、イーライセンスとJRCが合併した新会社であるNexToneが、JASRACに対する損害賠償等請求訴訟を取り下げた。
2016年9月9日、JASRACが公正取引委員会への審判請求を取り下げたため、公正取引委員会の審判は終結し、2009年2月27日に出された『JASRACに対する排除措置命令』が確定し、2015年（平成27年）4月1日から遡及適用された。
訴訟や審判と並行して、2015年2月から著作権管理事業者側のJASRAC、イーライセンス及びJRCと、放送事業者側のNHKと日本民間放送連盟は「放送分野における音楽の利用割合の算出方法に関する検討会」（5者協議）を開催するようになった。2015年9月17日に2015年度分以降の放送使用料に適用する利用割合の算出方法について合意がなされた。これを踏まえ、JASRACとNexToneはそれぞれ、NHKと民放連との間で楽曲の利用割合を反映した包括的利用許諾契約を交わすことになった。
2015年9月の合意の際、イーライセンスは放送以外の包括徴収方式を採用している他の支分権や利用区分でも、楽曲の利用割合を反映したルールが使用されることを希望する旨を表明した。
JASRACは放送以外の分野でも楽曲の利用割合を反映したルールを導入している。2021年4月以降は演奏権のうち上演形式による演奏、演奏会における演奏及び演奏会以外の催物における演奏について、公演ごとの実績に基づく利用割合又はみなしの利用割合を反映させることになった。また、2022年10月以降はカラオケ使用料についてみなしの利用割合を反映させている。それぞれのみなしの利用割合の値は1年ごとに見直しされる。
委託者による権利侵害のチェック体制
2005年にプロ野球阪神タイガースの私設応援団であった中虎連合会が、作者不詳だった阪神タイガース応援歌『ヒッティングマーチ一番』及び『ヒッティングマーチ二番』の作詞と作曲者を「中虎連合会」としてJASRACに届出して使用料の分配を不正に受けていたことが発覚した。
JASRAC の著作権信託契約約款7条1項は、委託対象の著作権が委託者のものであり他人の著作権を侵害していないことを保証する責は、受託者のJASRACではなく委託者にあるとしているが、この事件からJASRAC内部の不正チェック体制不備も指摘され、JASRACは作者不詳の楽曲と作品名が同一もしくは極めて似ている作品に対するチェックを強化することを発表した。
マスメディアの批判記事
2005年9月17日特大号で週刊ダイヤモンドは、「企業レポート 日本音楽著作権協会（ジャスラック） 使用料1000億円の巨大利権 音楽を食い物にする呆れた実態」と題する記事を掲載し、JASRACによる著作物使用料の徴収や配分と文部科学省官僚の天下りが続く組織運営のあり方に問題があると主張した。文部科学省から役員の天下りが50年以上続いている、JASRACの役員報酬を決める役員審議会が非公開である、法外に高い報酬を受け取っている、使用料の徴収方法、などの問題点を挙げた。これに対しJASRAC側は、2005年11月11日に、記事内容に裏付けがないほか恣意的に古い情報を用いるなど読者の悪印象を誘導しているとして、計約4300万円の損害賠償と名誉回復措置の謝罪広告掲載を東京地方裁判所に提訴し、2008年2月13日に東京地裁は、記事表現や体裁はかなり一方的かつ独断的で調査不足、誤解、悪意に基づく構成の疑念などからJASRACの主張を全面的に認めて計550万円の支払いを命じたが、謝罪広告の掲載は必要ないとした。
2018年3月9日、アメリカのフェアユース制度や著作権法について、米国弁護士の城所岩生により『JASRACと著作権、これでいいのか～強硬路線に100万人が異議～』が刊行され、坂本龍一がJASRACに苦言していること、大政直人がJASRACへの批判的意見、中山信弘の「木の枝を切り込みすぎて幹を殺してはいけない。音楽教室に対して必要以上に著作権者の権利を主張すれば、音楽文化が発展しなくなるかもしれない」といった見解が紹介された。城所は、現行の著作権法によって医療分野にも悪影響がもたらされていること、正当に著作権者への分配されていない可能性も指摘した。
ライブハウスの音楽著作権利用料の支払い裁判
2009年9月、ファンキー末吉が運営するロックバーにJASRACから送付された使用料徴収は、ライブハウスで演奏された楽曲の印税がアーティストへ正しく分配されるか不鮮明だったことから、末吉は「これではヤクザのみかじめと同じである。ちゃんと著作権者に分配しろよ!!」と自身のブログで苦言した。末吉が弁護士とともに交渉中、2013年11月にJASRACは「著作権侵害差止等請求事件」として提訴した。同年12月に末吉の支援者らが「ファンキー末吉に対するJASRACの訴訟はスラップではないか？」と『ファンキー末吉 支援者の会』を興し、江川ほーじんも「徴収する法は有るが、分配するシステムが存在していない。」と非難した。
2016年3月25日、東京地方裁判所ではライヴハウスとして定常的に利用していることから、いわゆるカラオケ法理の適用範囲であり、配分率などは作曲者としてのファンキー末吉とJASRACの問題でありライブハウス経営者としての問題ではないとし本裁判では審議されず、また自身の作曲や作詞した楽曲を演奏した場合においても、JASRACとの信託契約でこれら権利は信託されており、信託の仕組み上請求主体から現著作権者であっても使用料の請求が行われることとなることを認定された。但し請求の700万余りより大幅に減額された、著作権利用料280万余りのみ賠償を認められ、訴訟費用はそれぞれが負担することとされた。
2016年10月19日、知的財産高等裁判所の判決では、地裁判決を踏襲し賠償金が算出方式の変更に伴い550万余りに変わった他、訴訟費用もファンキー末吉側が1審2審とも負担することを判決として出された。
音楽教室から著作権料を徴収
2017年（平成29年）に、河合楽器製作所・島村楽器・山野楽器・開進堂楽器・宮地商会・ヤマハ音楽振興会・全日本ピアノ指導者協会が、音楽教室での演奏にJASRACが著作権料を求める事に反対する団体『音楽教育を守る会』を設立し、音楽教室での練習などは「演奏権」に該当しない、JASRACの方針は著作権法の目的「文化の発展に寄与する」に沿わない、としている。
2017年7月に理事長の浅石道夫は「音楽教室から徴収する方針」の反対署名には、JASRACを嫌っているだけのものもあると述べている。
2018年（平成30年）3月5日、文化庁長官の諮問である文化審議会では、音楽教室の著作権使用料で受講料収入から2.5パーセントの徴収を認める答申を提出した。それを受け「音楽教育を守る会」は「使用料徴収の是非について踏み込んだ判断をしてもらえなかった点で、大変残念だ」とする声明を発表している。ただし、「JASRACの提出した使用料規程については裁定日から有効とする。」とはしているものの、演奏権においては音楽教室事業者の「請求権不存在確認事件（東京地方裁判所平成 29 年（ワ）第 20502 号他）」の司法判断確定までは督促しないことや演奏権を争わない事業者に対しては利用に適切とする使用料額を制定するとしている。
ただ、2017年11月14日付の中山信弘の意見書では音楽教育の練習までの徴収が、まずは「文化の発展」（著作権法第1条）に根本的な疑問点があると指摘している。また、演奏権（著作権法22条）の制定においてもカラオケの様な「公衆に直接見せ又は聞かせることを目的」として演奏ではないことや音楽学校における演奏は著作権法38条適用における使用であり、音楽教育で費やされる費用も「著作物の提供又は提示につき受ける対価」ではなく指導・練習の費用であることからJASRACの請求は権利濫用の解釈とおり、「請求権不存在確認事件」にも有識者意見として提出される。
なお、フェアユースの導入があればこのような裁判は起こらなかったとする批判も存在するが、フェアユースを導入しているアメリカでは音楽教室のレッスンは徴収の対象であるため徴収に反対する意見として用いるのは不適切である。
2020年（令和2年）2月28日、東京地方裁判所は音楽教室での演奏利用全般に演奏権が及ぶと判断し、音楽教室事業者の申立を棄却する旨の判決を言い渡した。3月4日、音楽教室事業者は判決を不服として知的財産高等裁判所に控訴した。翌年3月18日の判決では、教師の演奏行為については著作権侵害に基づく請求権があるとした一方で、生徒による演奏行為には請求権がないとの判断が下った。
この判決に対し、JASRAC・音楽教室事業者の双方が上告したが、音楽教室側の上告は不受理となり、JASRAC側の上告のみ審理されることとなった。2022年（令和4年）10月24日、最高裁はJASRAC側の訴えを退け上告を棄却し、知的高裁判決が確定した。
2025年2月28日、JASRACと音楽教育を守る会は、「音楽教室における教師による楽器演奏等」について、「大人のレッスンの著作物使用料は、受講者一人当たり年額 750 円（税別）」「中学生以下（こども）のレッスンについては、受講者一人当たり年額 100 円（同）」「極少利用の対応として、レッスン単位および曲単位での使用料を定める」ことで合意した。
日本
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