CONFIG.SYS는 도스와 OS/2 운영 체제를 위한 원초적인 설정 구성 파일이다. 컴퓨터 시스템의 설정과 구성의 명령이 담겨 있는 특별한 파일이다. 컴퓨터가 시동하자마자 이 파일을 불러내며, 각종 하드웨어들의 드라이버를 불러오고, 연속 확장 메모리 규격이나 중첩 확장 메모리 규격을 사용하거나, 버퍼나 파일의 수를 지정할 수 있다.
이 파일을 불러들인 다음에 COMMAND.COM 파일과 AUTOEXEC.BAT 파일을 불러낸다. 윈도우 미에서는 특별한 패치를 사용하지 않는 한 이 파일을 로드하지 않는다.
셸 명령어의 파일 위치를 바꾸려면 shell= 에다 위치를 지정하면 된다.
윈도 3.xx에 포함된 MS-DOS를 위한 CONFIG.SYS의 보기:
device=c:\dos\himem.sys
device=c:\dos\emm386.exe ram
dos=high,umb
devicehigh=c:\windows\mouse.sys
devicehigh=c:\dos\setver.exe
country=044,437,c:\dos\country.sys
shell=c:\dos\command.com c:\dos /e:512 /p
MS-DOS 버전 6의 경우, 도스 시동 메뉴를 구성할 수 있는 옵션을 제공한다. 이로써 사용자는 수많은 시동 구성을 사용하여 시작 메뉴를 구성할 수 있다. 다양한 도스 응용 프로그램들이 선호하는 최적 기능의 설정값이 따르기 때문에 이러한 메뉴 구성은 큰 도움이 된다. 특히, 윈도우 9x에서 16 비트 도스 드라이버와 유틸리티를 되도록 불러들이지 않는 것이 최상인데, 이때 이러한 메뉴 구성의 도움을 받는 것이 좋다.
MS-DOS 6 이상의 시동 메뉴가 포함된 CONFIG.SYS의 보기:
[menu]
menuitem=WIN, Windows
menuitem=XMS, DOS with only Extended Memory
menudefault=WIN, 10
[common]
device=c:\dos\himem.sys
dos=high,umb
shell=c:\dos\command.com c:\dos /e:512 /p
country=044,437,c:\dos\country.sys
[WIN]
device=c:\dos\emm386.exe ram
devicehigh=c:\windows\mouse.sys
devicehigh=c:\dos\setver.exe
[XMS]
device=c:\dos\emm386.exe noems
도스 시동 메뉴의 구조는 잘 조직화되어 있다. "[menu]" 섹션은 메뉴의 항목을 정의한다. "menudefault" 옵션은 시스템을 시작하기 전에 카운트다운 타이머로 기본 선택 사항을 사용하는 것을 허용한다. (여기서는 10초로 되어 있음) "[common]" 영역은 모든 메뉴 선택을 시작하는 줄이다. 반면 "[WIN]"과 "[XMS]" 영역은 저마다의 구성을 사용한다.
나중에 시동 파일, autoexec.bat는 CONFIG.SYS로부터 프로파일 메뉴를 받아서 따로 구성하는 것도 가능하다.
프리도스의 최근 FDCONFIG.SYS 및 CONFIG.SYS:
screen=0x12
device=c:\dos\himem.exe
device=c:\dos\emm386.exe
dos=high,umb
country=044,437,c:\dos\country.sys
shell=c:\dos\freecom.com c:\dos /e:512 /p
일반 .sys 파일들은 config.sys 안에서 위와 같이 호출되며, MS-DOS 6.x가 제공하는 SMARTDRIVE (역자 주: 스마트 드라이브는 하드 디스크의 속도를 빠르게 해 주는 유틸리티), 프리 도스의 LBACACHE(아까와 비슷한 성질을 가진 유틸리티)과 같은 .exe 프로그램들은 autoexec.bat 파일 안에서 불러들인다. 그러나, 명령 줄에서도 시스템 파일로서 .EXE뿐 아니라 .SYS를 불러들이는 방법들이 있다. (역자 주: 시스템 장치 드라이버를 불러들이는 유틸리티는 명령 프롬프트에서 사용할 수 있는데 반드시 프리도스에서만 사용할 수 있는 것은 아니다.)

CONFIG.SYS를 발견하지 못했다는 메시지를 출력하고 있다시스템은 이러한 시스템 파일들(CONFIG.SYS, AUTOEXEC.BAT)이 분실되거나 손상되어도 시동할 수 있다. 그러나 이러한 두 개의 파일은 도스 운영 체제의 완전한 시동 과정에 필수적이다. 이러한 파일들은 개인용으로 운영 체제를 변경하는 데 쓰이는 정보를 포함하고 있다. 또 이러한 파일들은 다른 응용 소프트웨어 꾸러미들을 위한 요구 사항들도 포함하고 있다. 도스 시스템은 이러한 파일들이 손상된 경우 문제 해결을 요구할 수도 있다.