GROMACS

GROMACS
개발자흐로닝언 대학교
왕립 공과대학교
웁살라 대학교
발표일1991년(35년 전)(1991)
안정화 버전
2026.0 위키데이터에서 편집하기 / 2026년 1월 19일
저장소
프로그래밍 언어C++, C, CUDA, OpenCL, SYCL
운영 체제리눅스, macOS, Windows, 다른 유닉스 계열
플랫폼여러가지
언어영어
종류분자동역학 시뮬레이션
라이선스LGPL 버전 >= 4.6,
GPL 버전 < 4.6
웹사이트www.gromacs.org

GROMACS는 주로 단백질, 지질, 핵산 시뮬레이션을 위해 설계된 분자동역학 패키지이다. 이것은 원래 흐로닝언 대학교의 생물물리학 화학과에서 개발되었으며, 현재는 전 세계 대학 및 연구 센터의 기여자들에 의해 유지보수되고 있다. GROMACS는 가장 빠르고 인기 있는 소프트웨어 패키지 중 하나이며, 중앙 처리 장치(CPU)와 그래픽 처리 장치(GPU)에서 모두 실행할 수 있다. 이것은 GNU 약소 일반 공중 사용 허가서(LGPL)(버전 4.6 이전에는 GPL)로 배포되는 오픈 소스 소프트웨어이다.

역사

GROMACS 프로젝트는 원래 1991년 네덜란드 흐로닝언 대학교 생물물리학 화학과에서 시작되었다 (1991-2000). 그 이름은 원래 이 시기(GROningen MAchine for Chemical Simulations)에서 유래했지만, 최근 수십 년 동안 흐로닝언에서 활발한 개발이 거의 이루어지지 않았기 때문에 현재 GROMACS는 어떤 것의 약어도 아니다. 원래 목표는 링 아키텍처(현재는 현대 하드웨어 설계로 대체됨)를 기반으로 분자 시뮬레이션을 위한 전용 병렬 컴퓨터 시스템을 구축하는 것이었다. 분자 동역학 특정 루틴은 동일한 그룹에서 개발된 포트란 77 기반 프로그램인 GROMOS에서 C 프로그래밍 언어로 다시 작성되었다.

2001년부터 GROMACS는 스웨덴의 왕립 공과대학교와 웁살라 대학교의 GROMACS 개발팀에 의해 개발되고 있다.

기능

GROMACS는 명령줄 인터페이스를 통해 작동하며 입력 및 출력에 파일을 사용할 수 있다. 이 프로그램은 계산 진행 상황 및 도착예정시간(ETA) 피드백, 궤적 뷰어, 그리고 궤적 분석을 위한 광범위한 라이브러리를 제공한다. 또한, 다양한 힘장 지원으로 GROMACS는 매우 유연하다. 메시지 전달 인터페이스(MPI) 또는 스레드를 사용하여 병렬로 실행할 수 있다. 이 프로그램은 단백질 정보 은행(PDB) 파일에서 분자 좌표를 내부적으로 사용하는 형식으로 변환하는 스크립트를 포함하고 있다. 여러 분자(어쩌면 용매를 포함)의 시뮬레이션을 위한 구성 파일이 생성되면, 시뮬레이션 실행(시간이 많이 걸릴 수 있음)은 시간에 따른 원자의 움직임을 설명하는 궤적 파일을 생성한다. 이 파일은 여러 제공된 도구로 분석하거나 시각화할 수 있다.

GROMACS는 버전 4.5부터 GPU 오프로드 지원을 제공했으며, 원래는 Nvidia GPU로 제한되었다. GPU 지원은 수년에 걸쳐 확장 및 개선되었으며, 버전 2023에서는 GROMACS가 AMD, Apple, Intel, Nvidia의 GPU에서 실행하기 위한 CUDA, OpenCL, SYCL 백엔드를 갖추고 있으며, CPU에 비해 종종 큰 가속을 제공한다.

이스터 에그

2010년 01월 기준 현재 GROMACS의 소스 코드에는 개발자와 생화학 연구자들 사이의 농담으로 GROMACS에 대한 약 400개의 대체 역두문자어가 포함되어 있다. 여기에는 "Gromacs Runs On Most of All Computer Systems", "Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds", "Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinner", "Working on GRowing Old MAkes el Chrono Sweat", "Great Red Owns Many ACres of Sand" 등이 있다. 이들은 GROMACS의 출력 스트림에 무작위로 나타날 수 있도록 선택된다. 한 예로, "Giving Russians Opium May Alter Current Situation"이라는 역두문자어가 불쾌감을 유발했다.

응용

비GPL 라이선스 하에서 GROMACS는 Folding@home 분산 컴퓨팅 프로젝트에서 단백질 접힘 시뮬레이션에 널리 사용되며, 이 프로젝트의 가장 크고 가장 일반적으로 사용되는 계산 코어 시리즈의 기본 코드로 사용된다. 인공생명을 진화시키기 위한 분산 컴퓨팅 프로젝트인 EvoGrid도 GROMACS를 사용한다.

같이 보기

각주

  1. ↑ “The GROMACS development team”. 2020년 2월 26일에 원본 문서에서 보존된 문서. 2012년 6월 27일에 확인함.
  2. ↑ “Highlights - GROMACS 2026.0 documentation”. 2026년 1월 20일에 확인함.
  3. 1 2 3 “About GROMACS”. gromacs.org. 2021년 5월 17일. 2024년 5월 24일에 확인함.
  4. ↑ “About Gromacs”. gromacs.org. 2010년 8월 16일. 2020년 11월 27일에 원본 문서에서 보존된 문서. 2012년 6월 26일에 확인함.
  5. ↑ “People — Gromacs”. gromacs.org. 2012년 3월 14일. 2020년 2월 26일에 원본 문서에서 보존된 문서. 2012년 6월 26일에 확인함.
  6. ↑ Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJ (December 2005). 《GROMACS: fast, flexible, and free》. 《Journal of Computational Chemistry》 26. 1701–1718쪽. Bibcode:2005JCoCh..26.1701V. doi:10.1002/jcc.20291. PMID 16211538. S2CID 1231998.
  7. ↑ Hess B, Kutzner C, van der Spoel D, Lindahl E (March 2008). 《GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation》. 《Journal of Chemical Theory and Computation》 4. 435–447쪽. Bibcode:2008JCTC....4..435H. doi:10.1021/ct700301q. hdl:11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID 26620784. S2CID 1142192.
  8. ↑ Kutzner C, van der Spoel D, Fechner M, Lindahl E, Schmitt UW, de Groot BL, Grubmüller H (September 2007). 《Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks》. 《Journal of Computational Chemistry》 28. 2075–2084쪽. Bibcode:2007JCoCh..28.2075K. doi:10.1002/jcc.20703. hdl:11858/00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID 17405124. S2CID 519769.
  9. ↑ Hess B, Kutzner C, van der Spoel D, Lindahl E (March 2008). 《GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation》. 《Journal of Chemical Theory and Computation》 4. 435–447쪽. Bibcode:2008JCTC....4..435H. doi:10.1021/ct700301q. hdl:11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID 26620784. S2CID 1142192.
  10. ↑ “Installation guide”. gromacs.org. 2024년 5월 10일. 2024년 5월 24일에 확인함.
  11. ↑ “Flow Chart — GROMACS 2024.2 documentation”. gromacs.org. 2024년 5월 10일. 2024년 5월 24일에 확인함.
  12. ↑ Páll S, Zhmurov A, Bauer P, Abraham M, Lundborg M, Gray A, Hess B, Lindahl E (October 2020). 《Heterogeneous parallelization and acceleration of molecular dynamics simulations in GROMACS》. 《The Journal of Chemical Physics》 153. arXiv:2006.09167. Bibcode:2020JChPh.153m4110P. doi:10.1063/5.0018516. PMID 33032406.
  13. ↑ “Heterogeneous parallelization and GPU acceleration — GROMACS webpage”. gromacs.org. 2024년 5월 10일. 2024년 5월 24일에 확인함.
  14. ↑ “Re: Working on Giving Russians Opium May Alter Current Situation”. 《Folding@home》. 2010년 1월 17일. 2012년 6월 26일에 확인함.
  15. ↑ lab P (2012년 6월 11일). “Folding@home Open Source FAQ”. 《Folding@home》. 스탠퍼드 대학교. 2012년 7월 17일에 원본 문서 (FAQ)에서 보존된 문서. 2012년 6월 26일에 확인함.
  16. ↑ Beberg A, Ensign D, Jayachandran G, Khaliq S, Pande V (2009). 〈Folding@home: Lessons from eight years of volunteer distributed computing〉. 《2009 IEEE International Symposium on Parallel & Distributed Processing》 (PDF). 1–8쪽. doi:10.1109/IPDPS.2009.5160922. ISBN 978-1-4244-3751-1. ISSN 1530-2075. S2CID 15677970. 2017년 8월 8일에 원본 문서 (PDF)에서 보존된 문서. 2025년 11월 26일에 확인함.
  17. ↑ “Google Scholar”. 《scholar.google.com》. 2024년 8월 25일에 확인함.
  18. ↑ Markoff J (2009년 9월 29일). “Wanted: Home Computers to Join in Research on Artificial Life”. 《The New York Times》. 2012년 6월 26일에 확인함.

외부 링크