Hi-C

Hi-C (van high-throughput chromosome conformation capture) is een techniek in de moleculaire biologie waarmee de driedimensionale organisatie van het genoom (chromatine) in de celkern kan worden onderzocht. De techniek brengt in kaart welke DNA-gebieden fysiek dicht bij elkaar liggen in het kernplasma. Zo kan worden getest hoe chromosomen zich vouwen en organiseren binnen de nucleus. Deze ruimtelijke organisatie speelt een belangrijke rol in genregulatie en processen zoals DNA-reparatie.

De techniek is gebaseerd op het cross-linken van interacterend chromatine met formaldehyde. Het gefixeerde DNA wordt vervolgens gefragmenteerd, en de resulterende stukken (loci) worden aan elkaar geligeerd. Zo ontstaat een bibliotheek van 'chimere' DNA-fragmenten die overeenkomen met de oorspronkelijke contactpunten in het genoom. Na high-throughput sequencing en bio-informatische analyse kunnen contactkaarten (spatial maps) worden opgesteld die inzicht geven in de frequentie van interacties tussen verschillende genomische gebieden.

De techniek werd geïntroduceerd in 2009. De techniek is toegepast om celmechanismen als celdeling en transcriptionele regulatie op te helderen. Ook in de context van genoomevolutie en fundamenteel onderzoek naar ziekten als auto-immuniteit en kanker is Hi-C toegepast.

Zie ook

ATAC-seq

Referenties

↑ (en) Belton J, Mccord RP, Gibcus JH, Naumova N, Zhan Y, Dekker J. (2012). Hi–C: A comprehensive technique to capture the conformation of genomes. Methods 58 (3): 268-276. DOI: 10.1016/j.ymeth.2012.05.001.
↑ (en) Lieberman-Aiden E, Van Berkum NL, Williams L, Imakaev M, Ragoczy T, Telling A, Amit I, et al. (2009). Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 326 (5950): 289-293. DOI: 10.1126/science.1181369.
↑ (en) Burren OS, Rubio García A, Javierre B, Rainbow DB, Cairns J, Cooper NJ, Lambourne JJ, et al. (2017). Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes. Genome Biology 18 (1). DOI: 10.1186/s13059-017-1285-0.
↑ (en) Díaz N, Kruse K, Erdmann T, Staiger AM, Ott G, Lenz G, Vaquerizas JM. (2018). Chromatin conformation analysis of primary patient tissue using a low input Hi-C method. Nature Communications 9 (1). DOI: 10.1038/s41467-018-06961-0.

[belton-1] (en) Belton J, Mccord RP, Gibcus JH, Naumova N, Zhan Y, Dekker J. (2012). Hi–C: A comprehensive technique to capture the conformation of genomes. Methods 58 (3): 268-276. DOI: 10.1016/j.ymeth.2012.05.001.

[comprehe-2] (en) Lieberman-Aiden E, Van Berkum NL, Williams L, Imakaev M, Ragoczy T, Telling A, Amit I, et al. (2009). Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 326 (5950): 289-293. DOI: 10.1126/science.1181369.

[burren-3] (en) Burren OS, Rubio García A, Javierre B, Rainbow DB, Cairns J, Cooper NJ, Lambourne JJ, et al. (2017). Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes. Genome Biology 18 (1). DOI: 10.1186/s13059-017-1285-0.

[diaz-4] (en) Díaz N, Kruse K, Erdmann T, Staiger AM, Ott G, Lenz G, Vaquerizas JM. (2018). Chromatin conformation analysis of primary patient tissue using a low input Hi-C method. Nature Communications 9 (1). DOI: 10.1038/s41467-018-06961-0.