In juli 2005 speelde Gaponenko mee in het Biel grootmeestertoernooi en eindigde daar op de derde plaats met 6 punten uit negen ronden. Almira Skripchenko werd eerste met 6.5 punt.
In 2007 was zij onderdeel van het vrouwenteam van Oekraïne bij het Wereldkampioenschap schaken voor landenteams. Dit was de eerste keer dat dit WK een aparte vrouwenafdeling kende. Het team van Oekraïne eindigde als derde.