Geschiedenis
Voor 1959 was er geen nationale competitie en speelde Iraklis in de competitie van Macedonië en Thracië. Ze werden vijf keer kampioen en hadden toen al minder succes dan PAOK en Aris. Vanaf 1959 speelde de club dan in de nationale competitie. In 1980 moest de club gedwongen degraderen vanwege een omkoopschandaal. De club ging hiertegen in beroep en werd onschuldig bevonden maar het was al te laat voor de competitie, ze keerden het seizoen erop terug en speelde nu tot 2011 in de hoogste klasse toen ze, opnieuw door een omkoopschandaal, degradeerden. Ze werden teruggezet naar de Delta Ethniki, het vierde niveau. In 2015 keerde de club terug op het hoogste niveau, maar degradeerde, vanwege financiële problemen, na twee seizoenen.
De club maakte in 2017/18 een doorstart in de Gamma Ethniki en promoveerde meteen naar de Beta Ethniki. Vanwege hernieuwde financiële problemen ging de club in 2019 failliet en kon er voor het seizoen 2019/20 geen team in schrijven voor de competitie.
Geconfronteerd met deze situatie werd door de volleybalafdeling van Iraklis een nieuwe voetbalafdeling gestart onder de naam Iraklis 2015. Deze opvolgerclub startte in de Macedonia Football Clubs Association Gamma Amateur Championship, het vierde niveau in het Griekse voetbal. Iraklis werd meteen kampioen en speelt in 2020/21 in de Football League.