Mardonius (Oud-Perzisch:𐎶𐎼𐎯𐎢𐎴𐎡𐎹|𐎶𐎼𐎯𐎢𐎴𐎡𐎹; Oudgrieks:Μαρδόνιος; overleden op 27/28 augustus 479 v.Chr.) was een Perzisch militair bevelhebber tijdens de Perzische Oorlogen. Hoewel hij aanvankelijk overwinningen behaalde tijdens de Eerste Perzische Invasie van Griekenland, werd hij uiteindelijk gedwongen zich terug te trekken naar Anatolië nadat hij catastrofale verliezen aan manschappen en materieel had geleden door een storm voor de kust van de berg Athos, waarna hij door Darius de Grote uit zijn functie werd ontheven. Later werd hij opnieuw aangesteld door Xerxes I en nam hij deel aan de Tweede Perzische invasie van Griekenland. In 480 en 479 v.Chr. leidde Mardonius het Perzische leger tijdens de verwoesting van Athene. Kort daarna sneuvelde hij tijdens de Slag bij Plataeae.

Mardonius was de zoon van Gobryas, een Perzische edelman die de Achaemenidische prins Darius had geholpen toen deze de troon opeiste. De alliantie tussen de nieuwe koning en zijn vriend werd bekrachtigd door diplomatieke huwelijken: Darius huwde met de dochter van Gobryas, en Gobryas huwde met de zuster van Darius. Bovendien huwde Mardonius met de dochter van Darius, Artozostra. Daardoor was Darius de Grote tegelijkertijd de oom, schoonvader en halfzwager van Mardonius.
Darius benoemde Mardonius tot een van zijn generaals en stuurde hem na de Ionische Opstand in 492 v.Chr. om wraak te nemen op de Griekse stadstaat Athene, omdat deze de Ioniërs had gesteund. Op weg naar Athene gebruikte hij zijn leger in de Ionische steden om de Griekse tirannen af te zetten en democratieën te installeren, een maatregel die de Grieken destijds verraste. Historici menen dat hij dit deed om te voorkomen dat de Ioniërs opnieuw in opstand zouden komen nadat het Perzische leger was gepasseerd. Zijn vloot en leger trokken vervolgens over de Hellespont.
Mardonius viel eerst Thasos aan, een Grieks eiland met goudmijnen. Het werd een tribuutplichtige staat van het Achaemenidenrijk. De marine en het leger trokken daarna verder naar Macedonië, dat spoedig volledig onderworpen werd als vazalkoninkrijk van het Perzische Rijk en tevens deel ging uitmaken van het administratieve systeem ervan.
Na deze overwinningen werd de vloot van Mardonius echter vernietigd door een storm voor de kust nabij de berg Athos. Volgens Herodotos verloren de Perzen 300 schepen en 20.000 manschappen. Rond dezelfde tijd leidde Mardonius het leger in een veldslag in Thracië. Hoewel hij daarbij gewond raakte, behaalde hij de overwinning en onderwierp Thracië opnieuw aan het rijk. Desondanks dwong het verlies van de vloot hem zich terug te trekken naar Klein-Azië. Darius ontheftte hem vervolgens van zijn bevel en stelde Datis en Artaphernes de Jongere aan om de invasie van Griekenland in 490 v.Chr. te leiden. Hoewel zij erin slaagden Naxos te veroveren en Eretria te vernietigen, werden zij later verslagen in de Slag bij Marathon.

Onder de opvolger van Darius, Xerxes I, die zowel de neef als zwager van Mardonius was, kwam Mardonius weer in aanzien. Xerxes had aanvankelijk weinig belangstelling om de oorlog tegen Griekenland te hervatten, maar Mardonius, die grote invloed op hem had, probeerde hem herhaaldelijk ervan te overtuigen dat hij de nederlaag van Darius moest wreken, waarbij hij Xerxes zelfs van lafheid beschuldigde. Deze visie werd bestreden door een andere adviseur van Xerxes, Artabanus, die tot voorzichtigheid maande. Herodotos, die Mardonius afschildert als een enigszins kwaadaardige raadgever (in tegenstelling tot andere raadgevers wier argumenten nooit worden gevolgd), beweert dat Mardonius eenvoudigweg satraap van Griekenland wilde worden en een voorliefde had voor "kwaadwilligheid en avontuur".
Hij was aanwezig bij de Slag bij Thermopylae en probeerde na de Perzische nederlaag in de Slag bij Salamis Xerxes ervan te overtuigen te blijven en nog een veldtocht te voeren. Ditmaal kon Mardonius Xerxes niet overtuigen, maar toen Xerxes vertrok werd Mardonius bestuurder van de delen van Griekenland die door de Perzen waren veroverd. Hij onderwierp Macedonië, dat destijds werd geregeerd door koning Alexander I, hoewel Alexander de Atheners waardevolle informatie gaf over de plannen van Mardonius, omdat hij als Griek niet kon verdragen dat Griekenland verslagen zou worden.
Na het eerste deel van de campagne onder direct bevel van Xerxes I bleef Mardonius met 300.000 elite-soldaten in Griekenland achter. Zij vochten in de laatste fase van de oorlog, waarbij Athene werd verwoest, maar uiteindelijk werden verslagen in de Slag bij Plataeae:

Mardonius koos daar eerst alle Perzen die de Onsterfelijken werden genoemd, behalve alleen Hydarnes, hun bevelhebber, die verklaarde dat hij de persoon van de koning niet zou verlaten; vervolgens de Perzische kurassiers, de duizend ruiters, en de Meden, Saken, Bactriërs en Indiërs, zowel hun infanterie als de overige cavalerie. Deze volken koos hij volledig; van zijn overige bondgenoten selecteerde hij uit elk volk enkele mannen, de meest vooraanstaande en degenen waarvan hij wist dat zij goede diensten hadden bewezen... Daardoor groeide het totale aantal, met de ruiters meegerekend, tot driehonderdduizend man.
— Herodotos VIII, 113.
Mardonius veroverde en plunderde Athene, dat vóór de Slag bij Salamis was verlaten. Hij bood aan Athene terug te geven en de stad te helpen herbouwen als de Atheners een wapenstilstand zouden accepteren, maar de Atheners wezen dit af en bereidden zich voor op een nieuwe veldslag.

Mardonius bereidde zich voor hen bij Plataeae tegemoet te treden, ondanks tegenstand van de andere Perzische bevelhebber Artabazus, die net als Artabanus niet geloofde dat het Perzische leger de Grieken automatisch zou kunnen verslaan. Mardonius werd tijdens de daaropvolgende slag gedood door de Spartanen. Volgens Herodotos en Plutarchus was het een Spartaan genaamd Aeimnestus die Mardonius doodde. Hierop viel zijn leger uiteen.
Herodotos vermeldt de reactie van de Spartaanse leider Pausanias toen een man uit Aegina voorstelde het hoofd van de gesneuvelde Perzische generaal Mardonius op een paal te steken, zoals Xerxes had willen doen met Leonidas I na de Slag bij Thermopylae. Pausanias zag dit voorstel als een bedreiging voor de wortels van de beschaving: "Dergelijke daden passen beter bij barbaren dan bij Grieken, en zelfs bij barbaren verafschuwen wij ze... Verschijn niet opnieuw voor mij met zulke woorden of raadgevingen, en dank mijn terughoudendheid dat je nu niet wordt gestraft."