Matthias Merz (1 februari 1984 in Menziken, Aargau) is een Zwitserse oriëntatieloper. In 2007 won hij de gouden medaille op de lange afstand tijdens de Wereldkampioenschap oriëntatielopen in Kiev, Oekraïne.
Internationaal werd hij bekend door het winnen van het volledige medaillepalet tijdens het Junioren Wereldkampioenschap Oriëntatielopen 2002, 2003 en 2004.