De club werd opgericht in 1874 en is daarmee een van de oudste van Schotland. In 1922 werd de beker binnen gehaald. De club is de rivaal van St. Mirren. In totaal speelde de club 54 seizoenen in de hoogste klasse.
In 2001 kreeg de club te kampen met financiële problemen en degradeerde uit de First Division. De aanpassing in Second Division was zwaar en in het seizoen 2002/2003 speelde de club voor het eerst in de Third Division (4de klasse). De club werd kampioen met een recordaantal toeschouwers voor een 4de klasse wedstrijd van 8497.
In het seizoen 2005/06 werd de club 2de in de derde klasse en verloor in de eindronde om de promotie. In 2007 werd de club kampioen en promoveerde. Ook in 2014 degradeerde Morton naar het derde niveau maar slaagde erin om na één seizoen weer terug te keren naar de Championship.