Tijdens de Kosovo-oorlog was Mustafa commandant van een UÇK-eenheid genaamd Skifterat (de Valken) (ofwel "Guerrilla BIA") in de regio Llapi. De eenheid bestond uit naar schatting 500 tot 600 guerrillastrijders. Binnen de eenheid stond Mustafa bekend onder de bijnaam "Commandant Cali", een verwijzing naar de Albanese onafhankelijkheidsstrijder Prek Cali. Na de oorlog trad hij in dienst bij de Kosovo Security Force.
Mustafa werd in juni 2020 aangeklaagd voor het Kosovotribunaal vanwege meerdere oorlogsmisdaden. Mustafa werd ervan beschuldigd zijn ondergeschikten opdracht te hebben gegeven gevangenen te martelen in een interneringskamp in Zllash. De slachtoffers waren Albanezen die van samenwerking met Servië verdacht werden. Mustafa werd in september 2020 gearresteerd in Kosovo door de Specialist Prosecutor's Office (SPO) en diezelfde dag overgebracht naar het detentiecentrum in Den Haag.
Het proces tegen Mustafa begon op 15 september 2021. Hij werd aangeklaagd voor willekeurige gevangenneming, wrede behandeling, foltering en moord. Op 16 december 2022 werd hij door het tribunaal schuldig bevonden aan alle ten laste gelegde feiten, met uitzondering van de aanklacht van wrede behandeling. Hij werd in eerste aanleg veroordeeld tot 26 jaar gevangenisstraf. In hoger beroep werd de straf teruggebracht tot vijftien jaar.
Mustafa behoorde tot de zes personen die door het Kosovotribunaal werden aangeklaagd. Hashim Thaçi (25 jaar gevangenisstraf), Jakup Krasniqi (eveneens 25 jaar gevangenisstraf), Kadri Veseli (18 jaar gevangenisstraf), Rexhep Selimi (13 jaar gevangenisstraf) en Pjetër Shala (eveneens 13 jaar gevangenisstraf) werden ook veroordeeld vanwege oorlogsmisdaden.
