Na een carrière bij onder meer J.M. Meulenhoff en Elsevier verschenen vanaf 1947 vrijwel al zijn boeken bij De Bezige Bij. Deze uitgeverij had hij via illegaal werk in de Tweede Wereldoorlog leren kennen. Hij gebruikte naast zijn eigen naam de pseudoniemen Toon Gerhard, Jurgen Abel, Jan Nielsen en Gerard Spiegel.
Toonder was aanhanger van de westerse astrologie. In Het astrologisch argument schreef hij samen met John Anthony West een uitgebreide verdediging van de astrologie. Hij publiceerde verder artikelen over astrologie in de tijdschriften Spica en Symbolon en regelmatig in het tijdschrift Bres.
Hij werkte ook mee aan een aantal films van de Toonder Studio's van zijn broer Marten, zoals The Golden Fish (1952), geregisseerd door Harold Mack. Daarna maakte hij samen met regisseur Han van GelderGlobobbo (1953), The conquered planet (1953) en Verzonken klokken (1957). Zijn broer Marten illustreerde enkele van zijn boeken.
Zuivering
Wegens bevordering van vijandelijke propaganda legde de Ereraad voor Letterkunde Toonder na de Tweede Wereldoorlog op 18 september 1945 voor de periode van één jaar, ingaande op 5 mei 1945, een maatregel op waarbij hij werd "uitgesloten van iedere publicatie van oorspronkelijk dan wel van vertaald werk, het samenstellen van bloemlezingen, het doen of laten opvoeren en voordragen van door hem geschreven werk, van het mededingen naar prijsvragen (zij het ook in manuscript), van het aan de markt brengen of doen brengen van reeds verschenen werk of herdrukken en van ieder ander optreden in het openbaar op het gebied der kunst". De Centrale Ereraad voor de Kunst vernietigde op verzoek van Toonder in hoger beroep deze uitspraak in februari 1948 en legde hem gelijktijdig de nieuwe maatregel "afkeuring van de houding" op.
Bibliografie
1936 - Pim en Puckie (onder het pseudoniem Toon Gerhard)
1945 - Rechtsherstel. Bevat: Voor het voetlicht. Een verdediging door J. Gerhard Toonder; Een jurist aan het woord. De Eereraden van de kunstenaarsberoepen, hunne bevoegdheden en de rechtskracht hunner uitspraken door H.M. v.d. Brugh (Digitale versie)
1960 - De oudste ochtend. Vervolg op: Eiland in de verte
1963 - Hannibal en de ratten
1965 - Blijf zitten waar je zit. Bevat: Blijf zitten waar je zit; Standbeeld van een onbekende; De engelen komen te zelden; Met trompetten en trommen; Gekken pesten; De soldaten van Silurië; Dingen van de nacht; Bevrijd van veters
1979 - Het meeuwenjong, Marten senior en Jan Gerhard Toonder ISBN 90-234-6049-9. Eerder als afzonderlijke delen uitg.: Eiland in de verte, 1959; De oudste ochtend, 1960
1944 - Ivar Halling's liefde voor een leelijke vrouw door Bengt Berg. In werkelijkheid vertaald door Han G. Hoekstra die de naam van Toonder met diens toestemming gebruikte
1948 - Het dorp in de bergen. Vert. van: The mountain village door Tsjoen Tsjan Je
1950 - Kruid der genade. Vert. van: Herb of grace door Elizabeth Goudge, 1948
1959 - Oost is oost. Vert. van: East is east door George Mikes
1969 - Osborne's rebellen. Vert. van: Osborne's army door John Anthony West, 1966
1970 - Heft hoog de nokbalk, timmerlieden; Seymour, een introduktie. Vert. van: Raise high the roofbeam, carpenters, 1955; Seymour, an introduction, 1959 door J.D. Salinger
1971 - Het astrologisch argumentISBN 90-234-5101-5. Vert. van: The case for astrology, J.A. West and J.G. Toonder
1976 - De oorlogsheldISBN 90-254-6413-0. Vert. van: The man who won the medal of honour door Len Giovannitti, 1973
Privé
Zijn roepnaam was Jan. Hij trouwde op 18 maart 1942 met de schrijfster en schilderes Margje Herblot (1908-1991). Het huwelijk werd op 18 september 1953 door echtscheiding ontbonden.