De Waddenacademie is een onafhankelijke Nederlandse stichting die in 2008 is opgericht en fungeert als kennisregisseur voor het waddengebied.
De academie brengt kennis over het waddengebied samen, geclusterd in vijf thema's: 'geowetenschap & klimaat', 'ecologie', 'economie', 'natuur & recht en ruimtelijke ordening' en 'cultuurhistorie & landschap'. Voor elk van deze thema's is een zogenaamde portefeuillehouder aangesteld (part-time). De Waddenacademie wil bijdragen aan het formuleren van onderzoeksvragen, het begeleiden van kennisontwikkeling,en het delen en evalueren van kennis voor en over het waddengebied. In de praktijk doet ze dat door bijvoorbeeld conferenties en studiedagen te organiseren en publicaties uit te brengen of te ondersteunen.
De basisfinanciering van de Waddenacademie is afkomstig van het Waddenfonds. Naast de portefeuillehouders beschikt de academie over een bureau, dat is gevestigd is in het Huis voor de Wadden te Leeuwarden. Ook is er wetenschappelijke adviesraad en een raad van toezicht. Behalve aan de raad van toezicht legt de Waddenacademie verantwoording af aan het Bestuurlijk Overleg Waddengebied.